药物的代谢和排泄共同构成了药物的体内消除(elimination)过程。药物的排泄是药物以原形或代谢物的形式排出体外，肾排泄和胆汁排泄是最主要的途径，此外还可通过肺、汗液、唾液等排泄。

肾脏药物清除率主要与肾小球滤过、肾小管分泌和肾小管重吸收3个方面的因素有关。首先，药物以原形或代谢产物随血流经过肾小球，部分游离型的药物或代谢产物经被动扩散进入肾小球滤液;接着，部分药物又经主动转运过程被分泌进入近曲小管;最后，肾小管中的部分药物通过被动扩散作用被重吸收进入血液循环。

从生理上讲，肾单位的数量在妊娠36周已达成人水平，但肾单位的功能发育却持续整个妊娠过程和生命早期。故此，正常足月新生儿及早产儿出生时肾脏功能仍不完善，对药物或其他内、外源性物质的排泄率也较低。在出生后头几个月里，肾血流量增大，肾小球滤过和肾小管分泌、重吸收能力增强，肾脏功能发育显著，肾排泄能力不断提高，在1岁左右肾功能达到成人水平。

肾小球毛细血管壁有很多小孔，药物以被动扩散的方式通过基底膜进入滤液，即原尿，滤液中药物浓度与血浆中游离药物浓度相等。由于只有游离型的药物才能进入滤液，所以药物滤过主要受肾小球滤过率(glomerular filtration rate， GFR)和血浆蛋白结合程度的影响。在胎儿时期， GFR是远低于成人的。分娩过程使心排血量和肾血流量大为增加，并使肾血管阻力降低，肾内血液再分布，这些血流动力学上的变化引起 GFR在产后快速上升。足月新生儿出生时，通过体表面积换算后的 GFR为10～15ml/(min· m ²)，2周之后达20～30ml/(min·m ²)，6个月后婴儿 GFR基本达到成人水平［73ml/(min·m ²)］。生命早期 GFR的急速增长，使得肾清除主要受 GFR影响的药物清除率也迅速上升。

两种及两种以上通过相同机制滤过的药物联合应用，可在滤过部位发生竞争。易于滤过的药物占据孔道，使那些相对不易排出的药物滤过减少，而使血浆药物浓度增加，药效增强。例如丙磺舒可减少β-内酰胺类药物的排泄而使其增效，丙磺舒也可减少甲氨蝶呤的排泄而增加其毒性。

药物的肾小管分泌作用主要发生在近曲小管，这种分泌作用具有主动转运的特点，如可以逆浓度梯度转运、需要载体和能量、有饱和现象等。近曲小管的直段部位有主动分泌有机酸和有机碱的作用。有机酸或有机碱类药物合用，会在此处产生抑制分泌的相互作用，如丙磺舒可抑制肾小管对磺吡酮和甲氨蝶呤的主动分泌，使其消除减少。青霉素的肾消除除被丙磺舒抑制外，还可受到保泰松、磺吡酮、吲哚美辛、磺胺苯吡唑和阿司匹林等药物的干扰，使其血浆半衰期明显延长，这对保持青霉素的血浆治疗浓度是有益的。

对于弱酸或弱碱性药物的肾脏排泄来说，尿液的pH是一个主要的影响因素，因为尿液pH的变化会直接影响药物的排泄量。非离子化药物在肾小管滤液中更容易被重吸收回血流中，而离子化药物的极性大，易于排泄。因此，当药物在尿液中呈离子化状态存在时，其半衰期缩短。碱性药物(也包括极弱的酸性药物)在碱性尿液中多呈非离子型，而在酸性尿液中则以离子型为主。

这种药物相互作用在临床有广泛的应用。酸性药物如水杨酸盐(酯)、磺胺类及苯巴比妥等当尿液呈碱性时，其离子化程度增大，排泄加快。因此当苯巴比妥中毒后，碱化尿液促其排泄，已成为临床常用的苯巴比妥中毒的常规处理。碱化尿液对水杨酸盐(酯)的肾排泄也有明显影响。研究显示，尿液每升高1个pH单位，水杨酸盐(酯)的肾清除率便增加2倍。尿液pH由6.5增加到7.5时，水杨酸盐(酯)的肾清除率可由16ml/min增加到164ml/min。