康熙十七年（公元1678年）春正月己丑日，副都统哈当、总兵许贞在宁都攻打韩大任，韩大任逃至汀州后，前往康亲王军营投降，康熙命人将其押解至京城。壬辰日，郭四海被任命为左都御史。乙未日，康熙下诏说：“每一个朝代兴起，必定会有博学鸿儒兴起文化之风，阐释经史要义，以备帝王咨询。朕在处理繁多政务之余，渴望得到博学通达之士，以助于研习典章学问。若有学问品行兼优、文词卓越的人，无论已为官还是未入仕，朝廷内外的大臣各自举荐所知之人，朕将亲自进行考试选拔。”于是大学士李霨等人举荐曹溶等七十一人，康熙命这些人赴京集合听候旨意。
二月甲辰日，傅弘烈上奏疏称吴三桂的军队进犯广西，康熙诏令额楚、勒贝驻守梧州。己未日，康熙亲临经筵听讲，并撰写《四书讲疏义序》。丁卯日，皇后钮祜禄氏崩逝，谥号为孝昭皇后。辛未日，莽依图与吴世琮在平乐交战，作战失利后，退守梧州。康熙命尚之信与都统马九玉会师守卫梧州。
三月丙子日，湖广官兵攻打杨来嘉、洪福，将其击败，收复房县。丁丑日，海寇进犯石门，被黄芳世击退。癸巳日，祖泽清再次反叛，响应吴三桂。
闰三月癸卯日，康熙巡视京城附近地区。乙丑日，命内大臣喀代、尚书马喇前往科尔沁四十九旗主持会盟。丁卯日，吴三桂的部将林兴珠前往安亲王军营投降，康熙下诏封其为建义侯，命他随军参与剿贼。因在江西剿贼时错失战机，副都统甘度海、阿进泰被逮捕审问。
夏四月庚午日，海寇蔡寅攻陷平和，进而逼近潮州。甲戌日，祖泽清进犯电白，尚之信、额楚率军迎击，祖泽清败逃。庚寅日，庆阳土匪袁本秀发动叛乱，被官兵斩杀。
五月庚子初一，海澄公黄芳世在军中去世，康熙命其弟黄芳泰承袭爵位。戊申日，福建总督郎廷相、巡抚杨熙、提督段应举均被免职，朝廷任命姚启圣为福建总督，吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督。甲寅日，康熙前往西郊视察庄稼生长情况。额鲁特部济农受噶尔丹逼迫，进入清朝边境，被张勇驱逐出去。
六月壬申日，尚善派林兴珠在君山击败吴三桂的水师。丁亥日，因盛夏干旱，康熙步行前往天坛祈雨。当天，天降大雨。壬辰日，吴三桂的军队进犯永兴，都统伯宜理布、统领哈克山率军迎战，战败身亡。海寇进犯廉州，被总兵班绍明等人击退。吴三桂的军队进犯郴州，副都统硕岱与之交战，战况不利，逃奔永兴。丁酉日，康熙下诏说：“自战争爆发以来，将士们披甲执锐，无论酷暑严寒，都备尝艰辛，朕深感怜悯。着令兵部查明军中负债的将士，由官府代为偿还；对战死及受伤的将士，要抚恤其家属。”
秋七月，郑锦攻陷海澄，前锋统领希佛、副都统穆赫林、提督段应举战死。甲辰日，郑锦进犯泉州。甲寅日，安珠护被任命为奉天将军。壬戌日，魏象枢被任命为左都御史。丙寅日，康熙召翰林院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼入值南书房。当月，吴三桂在衡州称帝。
八月己卯日，安远靖寇大将军、贝勒尚善在军中去世，康熙命贝勒察尼接替其职务。庚午日，西洋国王阿丰肃派遣使臣前来进贡。癸未日，康熙亲临经筵听讲，并将自己所作的诗集赐给陈廷敬等人。乙未日，吴三桂去世，永兴之围得以解除。康熙永年历开始颁布施行。丙申日，康熙下诏说：“逆贼发动叛乱，终遭上天惩罚。受牵连的人，应从宽处理。如有悔悟前来归降的，一概不予追究。”
九月，康熙侍奉太皇太后前往汤泉，并拜谒孝陵。姚启圣、拉哈达在蜈蚣山大败海寇，刘国轩逃走，泉州之围解除。
冬十月癸未日，康熙巡视边疆，驻扎在滦河，并检阅三屯营的军队。己丑日，将军鄂内在石口击败吴应麒。丁酉日，皇四子胤禛出生，即后来的世宗，其母为吴雅氏。
十一月己亥日，拉哈达上奏疏称海贼切断江东桥，导致援兵难以进入泉州。在籍侍读学士李光地为大军担任向导，修通险路，并接济军需，请求朝廷对其进行嘉奖。康熙下旨：“李光地此前在变乱发生之初，就秘密上奏策略。如今又迎接大军，筹备粮米，极为可嘉。即刻升任学士。”辛酉日，康熙侍奉太皇太后回宫。癸亥日，康熙命福建陆路提督杨捷加昭武将军衔，任命王之鼎为福建水师提督。
十二月丁亥日，额楚、傅弘烈与吴世琮在藤县交战，作战失利后，退守梧州。乙未日，康熙合祭太庙。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、湖广等省七十个州县因受灾而应缴纳的赋税，数额不等。朝鲜、西洋派遣使者前来进贡。
康熙十八年（公元1679年）春正月戊申日，朝廷派遣官员分别前往山东、河南进行赈济。甲寅日，贝勒察尼率领水师包围岳州，敌军将领吴应麒逃走，清军收复岳州。康熙亲临午门宣布捷报。朝廷设置随征总兵官安置归降的将领，不久后将其裁撤。壬戌日，刘国轩进犯长乐，总督姚启圣偕同纪尔他布、吴兴祚将其击败。甲子日，岳乐收复长沙。
二月丙寅日，傅弘烈在梧州与吴世琮交战，敌军逃走。己巳日，康熙下诏历数江西奸民跟随叛军的罪行，但仍免除他们拖欠的赋税。甲戌日，顺承郡王勒尔锦率军过江，分别收复松滋、枝江、宜都、澧州，叛将洪福率水师投降。戊寅日，简亲王喇布派遣前锋统领希佛收复衡州，敌军将领吴国贵、夏国相逃走。庚辰日，康熙诏令军前王大臣商议进军云贵的相关事宜。任命周有德为云贵总督，桑峨为云南提督，赵赖为贵州提督，他们都跟随大军进行征讨。任命杨雍建为贵州巡抚。癸未日，夸紥被任命为蒙古都统。
三月丙申初一，康熙在保和殿亲自主持博学鸿词科考试，授予彭孙遹等五十人侍读、侍讲、编修、检讨等官职。朝廷开始编纂《明史》，任命学士徐元文、叶方蔼、庶子张玉书为总裁官。丁酉日，康熙前往保定县打猎。甲辰日，徐治都被任命为湖广提督。将军穆占在永州攻打吴国贵，将其击败，收复永州、道州、永明。己酉日，康熙返回宫中。戊午日，康熙赐归允肃等一百五十一人不同等级的进士及第出身。庚申日，岳州之战中阵亡将领的灵柩运到，康熙派遣侍卫迎接并祭奠。福建阵亡将士的灵柩运到后，也同样进行祭奠。
夏四月丙寅日，杨茂勋被任命为四川总督，驻扎在郧阳。戊辰日，万正色被任命为福建水师提督。己卯日，天气大旱，康熙步行前往天坛祈雨。当天，天降大雨。莽依图在浔州攻打吴世琮，将其击败。壬寅日，康熙出阜成门视察庄稼。
五月庚戌日，刘国轩进犯江东桥，赖塔与之大战并将其击败。
六月辛未日，康熙下诏说：“在盛世之时，国家和百姓都应有所积蓄。只有粮仓充足，礼教才能兴盛，面对水旱灾害才能无所忧虑。近来听闻百姓不懂得积蓄，一遇到灾年，往往导致流离失所。倡导节俭、教化百姓，使百姓按时饮食、依礼行事，这都依赖于贤良的官吏。督抚等官员要选拔良吏教导百姓，以符合朕的心意。”己卯日，希佛被任命为蒙古都统。
秋七月甲午日，靳辅上奏疏称淮扬地区的堤坝工程完工，干涸出的田地，已招募百姓耕种。丁未日，康熙探视纯亲王隆禧的病情，不久后隆禧去世。乙卯日，额楚在南宁击败吴世琮，吴世琮逃走。庚申日，京师发生地震，康熙下诏从内库拨出十万两白银进行赈济抚恤，受损的房屋由官府负责修缮。壬戌日，康熙召集朝臣谕示说：“朕德行不足，施政未能使各方和谐，致使发生地震以示警告。朕惶恐不安，迫切寻求导致灾害的原因。难道是管理百姓的官员苛捐杂税以谄媚上司？还是大臣们结党营私、任用亲信？亦或是领兵官员对焚掠行为不加禁止？免除租税、给予补偿不属实？审判官员断案冤枉平民？还是王公大臣约束不了下属，致使他们侵害百姓利益？只要存在其中一种情况，都足以招致灾害。只有大臣们在大事上遵守法律，在小事上保持廉洁，政治清平，断案合理，才有望感动上天，消除灾害。因此，朕特此昭告心意，希望与朝廷内外大小官员共同勉励。”
八月癸亥初一，将军穆占收复新宁。甲子日，傅弘烈收复柳城、融县。庚辰日，提督赵国祚、将军林兴珠在武冈大破吴国贵，吴国贵战死，清军收复武冈州。
九月庚戌日，因地震，康熙前往天坛祈祷。辛亥日，康熙命简亲王喇布驻守桂林。甲寅日，金光祖逮捕叛将祖泽清并押送至京城，祖泽清及其子祖良楩被处以磔刑。
冬十月辛未日，康熙诏令将军张勇、王进宝，提督赵良栋、孙思克进军夺取四川。王进宝、赵良栋率军出发。癸未日，王进宝攻克武关，收复凤县。赵良栋收复两当。
十一月戊戌日，王进宝攻打叛将王屏藩，王屏藩逃至广元，清军收复汉中。庚子日，赵良栋收复略阳，进而攻克阳平关。丁酉日，许贞被任命为江西提督。
十二月壬戌日，蔡毓荣被任命为绥远将军，进军平定云贵。将军佛尼勒、吴丹攻克梁河关，敌军将领韩晋卿逃走，清军复兴安、平利、紫阳、石泉、汉阴、洵阳、白河以及郧阳的竹山、竹溪。丁卯日，康熙前往南苑。辛未日，康熙诏令安亲王岳乐率林兴珠班师回朝。壬午日，授予赵良栋勇略将军称号。乙丑日，康熙合祭太庙。
这一年，朝廷免除顺天、江南、山东、山西、河南、浙江、湖广等省二百六十一个州县因受灾而应缴纳的赋税，数额不等。朝鲜、琉球、安南派遣使者前来进贡。
康熙十九年（公元1680年）春正月甲午日，赵良栋率军收复龙安府，进而挺进到绵竹。当时伪巡抚张文等人出城迎接并投降，赵良栋于是顺利进入成都。康熙皇帝下诏任命赵良栋为云贵总督。与此同时，王进宝成功攻克朝天关，收复了广元，叛将王屏藩自缢而死，清军还生擒了吴之茂。壬子日，康熙前往巩华城，派遣内大臣前往昭勋公图赖的墓地进行祭奠并赐予祭品。
二月辛酉初一，康熙下诏安排吴丹与赵良栋会合，一同进军夺取云南；命令王进宝镇守四川，勒尔锦攻打重庆，徐治都驻守荆州。乙丑日，佛尼勒率军收复顺庆府，潼川、中江、南部、蓬县、广安、西充等各个县城也都相继被攻下。丁卯日，康熙下诏命令莽依图督率马九玉、金光祖、高承荫向云南进军。己巳日，康熙前往南苑。丙子日，举行大规模阅兵仪式。同时，任命于成龙为直隶巡抚。徐治都率领军队大败叛将杨来嘉，收复了巫山，并进一步向夔州发起进攻。杨茂勋也成功收复了大昌和大宁。癸未日，万正色在海坛击败海寇。
三月辛卯日，吴丹收复重庆，达州、奉乡等各个州县也都全部平定。杨来嘉投降后，被押送到京城。乙未日，任命伊辟为云南巡抚。丁酉日，安亲王岳乐率领的军队凯旋归来，康熙在芦沟桥慰劳他们。辛丑日，马承荫用计诱捕了傅弘烈。在此之前，马雄盘踞在柳州，去世后，他的儿子马承荫以柳州投降。到此时，马承荫又再次反叛，将傅弘烈逮捕后押送到贵阳，傅弘烈坚守气节不肯屈服，最终被杀害。平南将军赖塔收复铜山，康熙命令他驻守潮州以防备马承荫。万正色在平海岙攻打海寇，取得胜利，进而攻克了湄州、南日、崇武等各个海岙。朱天贵投降。拉哈达进攻刘国轩，将其击败，刘国轩逃到厦门。伪将苏堪出城迎接投降，清军进而平定了玉洲、石马、海澄、马州等十九个寨子，拉哈达又与吴兴祚一同夺取了金门。己酉日，察尼攻下辰龙关，蔡毓荣收复铜仁。
夏四月庚申初一，任命赖塔为满洲都统。癸亥日，穆占、董卫国击败吴应麒，收复了沅州、靖州，进而又收复了黎平。丁卯日，康熙认为学士张英等人在内廷侍奉，每日都准备为自己解答疑问，便下令交予相关部门对他们从优进行评定等级。高士奇、杜讷都被授予翰林官职。己巳日，命令南书房的翰林们每天晚上讲解《资治通鉴》。丙子日，康熙前往天坛祈雨，第二天，便降下了雨。己卯日，颁布施行《尚书讲义》。王进宝因为生病回到固原，康熙命令他的儿子、总兵王用予统领军队驻扎在保宁。庚辰日，宗人府进献皇室族谱玉牒。
五月壬辰日，命令甘肃巡抚治理兰州事务。乙巳日，莽依图集合军队讨伐马承荫，马承荫再次投降，康熙命令将他逮捕押送到京城。己酉日，山海关设立关卡征收赋税。
六月甲子日，蔡毓荣收复思南。丁丑日，命令五城的粥厂再延长三个月的施粥时间，还派遣三十名太医官分别去治疗饥民的疾病和瘟疫。壬午日，副都统马尔哈齐、营总马顺德因为放纵士兵杀人而被依法治罪。
秋七月甲午日，停止通过捐纳获得官职的人参加考选科道的资格。对在福建遇害的总督范承谟、广西巡抚马雄镇进行褒奖和抚恤，追赠官职、赐予谥号，并给予他们的子孙荫袭官职的待遇。乙巳日，任命折尔肯为左都御史。己酉日，解除顺承郡王勒尔锦的大将军职务，将他撤回京城。
八月戊辰日，康熙亲临经筵听讲。己巳日，命令赖塔移师驻扎到广州，并调拨博济的军队增强他的力量。戊寅日，大学士索额图被免职。壬午日，将军莽依图在军中去世，康熙任命勒贝代替他的职务。甲申日，尚之信因为下属王国光告发他的罪行，便擅自将王国光杀害，康熙下诏赐尚之信自尽。尚之信的弟弟尚之节以及他的同党李天植，都被判处死刑，他们的家眷被护送回京城。
闰八月乙未日，命令各位将帅好好抚恤和管理绿旗军士。壬子日，任命王永誉为广东将军。
九月癸亥日，吴世璠派遣他的将领夏国柱、马宝偷偷地进犯四川，谭弘再次反叛响应他们，接连攻陷了泸州、永宁，夔州的土匪也起来响应。康熙命令将军吴丹、噶尔汉，提督范达理、徐治都分别从不同的道路前去讨伐。乙丑日，任命赖塔为平南大将军，率领军队进军云南。戊寅日，吴丹收复泸州。
冬十月，仁怀失守，康熙罢免了吴丹的职务，命令鄂克济哈率领他的军队。戊戌日，任命阿密达为蒙古都统。噶尔汉收复巫山。壬寅日，大将军康亲王杰书率领的军队凯旋归来，康熙到郊外慰劳他们。戊申日，彰泰、穆占在镇远击败吴世璠。噶尔汉在铁开峡攻打谭弘，将其击败。这个月，王公大臣们商议并上奏在行军过程中因玩忽职守而误事的王爷、贝勒、大臣们的罪行。康熙下旨，勒尔锦被革去王爵，没收家产并监禁；尚善、察尼都被革去贝勒爵位；兰布被革去镇国公爵位；朱满被革去都统职务，判处绞刑立即执行；其余的人也分别被革除官职、剥夺世袭职务、处以鞭刑、没收家产等不同的处罚。
十一月丙辰初一，冬至，康熙到圜丘祭祀上天。此时彗星出现，康熙下诏征求大臣们坦率直言的建议。甲子日，贝子彰泰进军收复平越，于是进入贵阳。叛贼首领吴世璠以及吴应麒等人在夜里逃走。安顺、石阡、都匀三府都被收复。庚午日，任命达哈里为蒙古都统。丙子日，川北总兵高孟在南溪桥击败彭时亨，收复营山，进而包围灵鹫寨，斩杀伪将魏卿武。甲申日，提督周卜世收复思南。
十二月壬辰日，任命徐元文为左都御史。甲午日，高孟收复渠县。乙未日，提督桑峨在永宁大败吴世璠，追击到铁索桥，叛贼烧毁桥梁后逃走。当地土司龙天祐、沙起龙建造了盘江浮桥，帮助大军顺利通过。壬寅日，高孟收复广安州。庚戌日，任命郝浴为广西巡抚。癸丑日，康熙合祭太庙。
这一年，朝廷免除直隶、江南、山东、山西、陕西、江西、福建、湖广等省一百八十六个州县因受灾而应缴纳的赋税，数额不等。朝鲜、琉球派遣使者前来进贡。
康熙二十年（公元1681年）春正月壬申日，叛将李本深投降，被戴上枷锁押送到京城。癸酉日，总兵高孟收复达州。甲戌日，将军噶尔汉收复云阳，谭弘死去，清军进而收复忠州、万县、开县。乙亥日，命令侍郎温代治理通州的运河。丙子日，将军穆占、提督赵赖攻打夏国相等人，将他们击退，收复平远。辛巳日，增加设置讲官。康熙下诏要求司法部门谨慎地处理刑罚案件。这个月，郑锦去世，他的儿子郑克塽继承并统领他的部下。
二月己丑日，贝子彰泰率领军队到达安南卫，在江西坡攻打叛贼将领线緎。叛贼排列出大象阵来抵抗迎战。官兵们分成三队奋勇攻击，大败叛贼。叛贼逃走，公图、达汉泰追击，再次击败他们，收复了普安州、新兴所。壬辰日，副都统莽奕禄在三山击败叛贼张足法等人。甲午日，康熙下诏凡是三藩过去所做的危害百姓的事情都要全部废除。免除奉天的盐引税。大将军赖塔率领军队到达广西，在黄草壩大败叛贼，收复安笼，进入曲靖。高孟收复东乡，在月城寨击败彭时亨。戊戌日，增加钦天监满监副一员。都统希福、马缉、硕塔收复马龙州、杨林城，进入嵩明州，叛贼逃走。穆占收复黔西、大定，斩杀伪将张维坚。乙巳日，贝子彰泰、大将军赖塔、将军蔡毓荣先后进入云南。叛贼将领胡国柄、刘起龙出城迎战抵抗，官军分别出击将他们击败，斩杀了胡国柄、刘起龙。辛亥日，康熙拜谒孝陵。
三月甲辰日，宣威将军鄂克济哈因为没有及时支援建昌而自我弹劾。康熙下诏让觉罗纪哈里代替他的职务。辛酉日，将仁孝皇后、孝昭皇后安葬在昌瑞山的皇陵。康熙下诏在出巡途中批阅奏章时，让大学士进行审核校对。壬戌日，胡国柱进犯建昌，将军佛尼勒将他击退，收复马湖。癸亥日，马宝放弃遵义，进犯泸州、叙州。康熙下诏让佛尼勒、赵良栋迅速攻击云南的叛贼，不要让他们回援。丙寅日，追赠并抚恤在福建遇害的运使高天爵、知府张瑞午等人官职，并给予他们的子孙荫袭官职的待遇。戊辰日，当地土司陆道清以永宁投降。癸酉日，康熙侍奉太皇太后前往遵化汤泉。
夏四月甲辰初一，王用予收复纳溪、江安、仁怀、合江。己酉日，贝子彰泰派遣使者招抚各路叛贼，武定、大理、临安、永顺、姚安等地都相继投降。壬子日，康熙侍奉太皇太后回宫。
五月癸丑初一，提督周卜世夺取遵义，招降伪官金仕俊等人，收复真安州、仁怀、桐梓、绥阳等县。己未日，派遣官员去视察蒙古苏尼特等旗遭受旱灾的情况。乙丑日，康熙下诏曾经陷入叛贼控制地区的州县官员，不能被选拔为科道官。辛巳日，大将军贝子彰泰奏报抵达云南省城，伪将李发美以鹤庆、丽江二府投降。
六月戊子日，免除山西、陕西的房号银。
秋七月丁巳日，任命礼部尚书郭四海兼任管理刑部事务。庚申日，康熙下诏让四川被武官和士兵占用的民田，要查明后归还给百姓。辛酉日，都统希福、提督桑峨在乌木山攻打马宝，大败马宝。马宝投降后，被戴上枷锁押送到京城后诛杀。乙丑日，赵良栋派遣总兵李芳述击败胡国柱，收复建昌，进入云南。戊辰日，康熙下诏让图海率领王辅臣返回京城。壬申日，康熙在瀛台设宴，员外郎以上的官员都参加了宴会，还赏赐了彩色的丝织品。己卯日，任命施琅为福建水师提督，计划夺取台湾，改任万正色为陆路提督。
八月辛巳初一，发生日食。乙巳日，康熙亲临经筵听讲。
九月辛亥日，康熙巡视京城周边地区。原平南王尚可喜的灵柩运到通州，康熙赐银八千两，并派遣官员前去祭奠并送上茶果。戊午日，康熙中途停留雄县，召见知州吴鉴，询问浑河水决堤后居民受灾的情况。丙寅日，康熙返回京城。下诏停止本年秋天的死刑执行。壬申日，恢复运丁的工银。
冬十月癸未日，偏沅巡抚韩世琦在古州击败叛贼将领黄明。甲申日，额鲁特部的噶尔丹前来进贡。乙酉日，大学士图海率领的军队凯旋归来，康熙对他进行嘉奖和慰劳。壬辰日，康熙下诏撤回平南、靖南两藩的武官和士兵返回京城。癸卯日，康熙下诏免除吐鲁番进贡犬马。
十一月辛亥日，康熙下诏跟随叛贼的人，除了那些明显抗拒朝廷军队的人之外，其余的都削去官职后释放回家。任命诺迈为汉军都统。癸亥日，定远平寇大将军贝子彰泰、平南大将军都统赖塔、勇略将军总督赵良栋、绥远将军总督蔡毓荣上奏疏报捷，朝廷军队在十月二十八日进入云南城，吴世璠自杀，他的首级被传送到各地，吴三桂的骸骨被挖出示众，昭示中外，诛杀伪相方光琛，其余党羽投降，云南平定。当天，康熙为了将此事昭告孝陵，车驾中途停留在蓟州。丁卯日，康熙祭祀孝陵。辛未日，召见贝子彰泰、将军赵良栋返回京城。乙亥日，康熙在南山打猎，发箭射死了三只老虎。己卯日，康熙起驾回朝。
十二月戊子日，设置满洲将军驻守荆州，汉军将军驻守汉中。癸巳日，群臣请求为康熙上尊号。康熙下敕令说：“自从逆贼发动叛乱以来，不良的百姓纷纷响应，军队因为频繁的征调而疲惫，民间因为物资的转运而凋敝。再加上水旱灾害频繁发生，灾异现象接连出现。这些都是朕自身德行不足所导致的。仰赖祖宗社稷的庇佑，才得以平定这些叛逆余孽。如今正应当选拔贤良之士，让百姓休养生息，而如果此时却自我满足，进行一些没有意义的歌功颂德之事，能不感到惭愧吗！这件事不要施行。”补行广西的乡试。戊戌日，大学士图海去世。己亥日，康熙亲临太和门接受群臣的朝贺，向中外宣告云南平定的捷报。癸卯日，为太皇太后、皇太后加上徽号，颁发恩诏，赏赐宗室成员，馈赠外藩，给予封赠，扩大科举录取名额，推举隐逸之士，表彰节孝之人，抚恤孤独的人，除了那些罪大恶极、不适合赦免的人之外，其余的罪犯都赦免。任命于成龙为江南江西总督，吴兴祚为广东广西总督。丁未日，康熙合祭太庙。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、山东、山西、浙江、福建等省七十五个州县因受灾而应缴纳的赋税，数额不等。登记的丁户有一千七百二十三万，征收白银二千二百一十八万三千七百六十多两。盐税、茶税共征收白银二百三十九万九千四百六十八两。铸造钱币二万三千一百三十九万枚。朝鲜、厄鲁特派遣使者前来进贡。
清康熙二十一年（公元1682年）春正月壬戌日，正值上元节，皇帝赏赐朝廷大臣宴席，一同观赏花灯，并采用柏梁体赋诗。皇帝率先吟诵道：“丽日和风被万方。”随后，朝廷大臣按顺序依次接续赋诗。皇帝还亲自撰写了《升平嘉宴诗序》，并将其刊刻石碑，立于翰林院。丙寅日，朝廷将蔡毓荣调任为云贵总督。戊辰日，王大臣上奏说：“耿精忠世代受封王爵，却甘心发动叛逆，分兵侵扰浙江、江西，甚至波及安徽、徽州。如果不是军队勇武、大臣得力，叛乱的蔓延怎会得到遏制。李本深、刘进忠等多年担任提督、总兵之职，享受高官厚禄，却不能改变其丑恶行径，俯首追随叛贼，又有什么益处呢？这些人都应当从严惩处，加强防范，以此为世道人心树立规范。我们已谨慎拟定处理意见，恭请陛下下旨。”皇帝降旨，耿精忠、曾养性、白显中、刘进忠、李本深均处以磔刑并枭首示众。耿精忠之子耿继祚，李本深之孙李象乾、李象坤，其侄子李济祥、李济民，以及祖弘勋等人，全部处斩。因受叛贼牵连而获罪的陈梦雷、李学诗、金境、田起蛟，均减死罪一等处理。己巳日，皇帝特别册封安亲王岳乐之子岳希为僖郡王。
二月庚辰日，朝廷任命达都为左都御史。癸未日，因平定云南，朝廷派遣官员前往祭祀五岳四渎、古代帝王陵墓以及先师孔子故里。甲申日，皇帝亲临经筵讲学。丙戌日，任命佟国维为领侍卫内大臣。辛卯日，皇帝在景山斋戒居住，为太皇太后祈福。癸巳日，皇帝开启东巡之旅，皇太子胤礽随行。蒙古的王爷、贝勒等人请求为皇帝上尊号，皇帝没有应允。朝廷任命穆占为蒙古都统。妖道朱方旦被处死。戊戌日，皇帝抵达山海关，派遣大臣祭祀伯夷、叔齐庙。
三月壬子日，皇帝拜谒福陵、昭陵，并在盛京驻跸。甲寅日，在福陵举行告祭仪式。丙辰日，在昭陵举行告祭仪式。皇帝对将军以下，直至守陵官员、年老退休官员以及闲散甲兵进行大规模赏赐。特赦盛京、宁古塔地区。免除皇帝车驾所经之地的租税。己未日，皇帝拜谒永陵，举行告祭之礼。皇帝准备奏启太皇太后、皇太后，并进奉鲢鱼、鲫鱼。庚申日，皇帝从山道前往乌拉进行围猎。辛酉日，遥祭长白山。乙亥日，皇帝在松花江泛舟。
夏四月辛巳日，皇帝启程回京。赏赐宁古塔将军、副都统宴席，并对退休官员和士兵进行赏赐。乙巳日，皇帝抵达中后所。流放之人王廷试的儿子王德麟叩击宫门，乞求代替父亲戍边，礼部商议后不准许。皇帝下谕说：“王德麟所说的情况十分令人怜悯。能在我来此地时遇到，也是难得的机缘。他们父子都是读书人，可将二人都释放回家。”
五月辛亥日，皇帝回到京城。壬子日，皇帝下诏，考虑到宁古塔地区气候苦寒，将流放到此地的人改发配到辽阳。己未日，大学士杜立德请求退休，皇帝以温和的旨意应允。丙寅日，朝廷免除吉林进贡鹰的任务，并减少当地的徭役。戊辰日，任命王熙为大学士。
六月乙酉日，任命佟国瑶为福州将军。庚寅日，任命公倭赫为蒙古都统。甲辰日，大学士冯溥请求退休，皇帝以温和的旨意应允，并派遣官员护送，让他乘坐驿车返回原籍。
秋七月庚戌日，任命杭艾为左都御史。甲寅日，皇帝命令刑部尚书魏象枢、吏部侍郎科尔坤巡察京城周边地区，遇到豪强欺凌百姓的，将其拘捕并上报。乙卯日，朝廷将三藩之乱被平定的消息向蒙古宣告。
八月丙子日，皇帝下诏，让内阁学士参与政事。癸卯日，谭弘之子谭天祕、谭天伦被处死。
九月戊申日，皇帝赐蔡升元等一百七十六人不同等级的进士及第、出身。甲子日，皇帝下诏，规定每日举行朝会听政，春夏两季在辰初时刻，秋冬两季在辰正时刻。
冬十月甲申日，定远大将军贝子彰泰、征南大将军都统赖塔凯旋归来，皇帝到郊外迎接慰问。己丑日，任命黄机、吴正治为大学士。辛卯日，皇帝下诏重修《太祖实录》，编纂《三朝圣训》《平定三逆方略》。
十一月甲寅日，任命李之芳为兵部尚书，希福为西安将军，瓦岱为江宁将军。戊午日，皇帝下诏在广西建造双忠祠，祭祀巡抚马雄镇、傅弘烈。庚申日，任命赵赖为汉军都统。戊辰日，任命施维翰为浙江总督，噶尔汉为满洲都统。
十二月己卯日，前广西巡抚陈洪起因追随叛贼被判处死刑，皇帝改命将其流放至宁古塔。癸未日，任命许贞为广东提督。戊子日，皇帝录用达海之孙陈布禄为刑部郎中。癸巳日，朝廷追究行军中违反军纪的罪责，简亲王喇布被削夺爵位，其余人有的被流放，有的被贬职，处罚各有不同。庚子日，郎谈从黑龙江出使归来，向皇帝奏报罗刹侵犯边境的情况。皇帝命令宁古塔将军巴海、副都统萨布素率领军队进行防御。在黑龙江、呼马尔建造木城，并分兵进行屯田。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、山东、山西、浙江、湖广等省七十八个州县卫所因受灾应缴纳的赋税，具体数额各有不同。朝鲜、安南前来进贡。
清康熙二十二年（公元1683年）春正月乙卯日，皇帝设宴赏赐朝廷大臣。己未日，皇帝观看宫廷侍卫比试射箭。
二月癸酉日，帅颜保被罢官，朝廷任命介山为礼部尚书，喀尔图为刑部尚书。甲申日，皇帝前往五台山。
三月戊申日，皇帝返回京城。戊午日，任命噶尔汉为荆州将军，彭春为满洲都统。
夏四月乙亥日，皇帝命令提督、总兵等大臣按顺序进京朝见。庚辰日，皇帝命令巴海返回乌拉驻扎，萨布素、瓦礼祜率领军队驻扎在额苏里，做好边境防御准备。辛卯日，任命公坡尔盆为蒙古都统。
五月丙午日，朝廷设立汉军火器营。甲子日，皇帝命令施琅出征台湾。
六月丁丑日，皇帝视察内库，并向朝廷大臣赏赐布帛、器具。戊寅日，任命伊桑阿为吏部尚书，杭艾为户部尚书。癸未日，皇帝侍奉太皇太后前往古北口避暑。
闰六月戊午日，施琅攻克澎湖。庚申日，皇帝下谕告诫刑狱官员，审理案件不要拖延。
秋七月，皇帝的车驾抵达胡图克图，赏赐随行围猎的蒙古王公冠服，赏赐士兵银币。甲午日，皇帝侍奉太皇太后回宫。
八月庚子日，皇帝命令在经筵大典时，大学士以下官员都要侍班。戊申日，任命哈占为兵部尚书，科尔坤为左都御史。戊辰日，施琅上疏奏报军队进入台湾，郑克塽率领下属刘国轩等人迎接投降，台湾平定。皇帝下诏赐予郑克塽、刘国轩封爵，封施琅为靖海侯，对将士们也进行了提拔和赏赐。
九月癸酉日，任命丁思孔为偏沅巡抚。己卯日，皇帝侍奉太皇太后前往五台山。壬辰日，皇帝一行抵达长城岭，太皇太后因道路险峻返回，皇帝继续前往五台山。朝廷对厄鲁特进贡的人数进行限制。
冬十月，皇帝到达五郎河行宫，侍奉太皇太后返回京城。丁未日，群臣因台湾平定，请求为皇帝上尊号，皇帝没有答应。癸亥日，任命萨布素为新设的黑龙江将军。乙丑日，皇帝下诏让沿海地区被迫迁移的百姓返回原籍，重新耕种田地。
十一月癸未日，朝廷授予投降的罗刹人宜番等人官职。戊子日，皇帝因海寇被平定，前往孝陵祭祀禀告。癸巳日，皇帝巡视边界。
十二月甲辰日，皇帝返回京城。丁未日，参与叛乱的土司陆道清被处死。壬子日，任命纪尔他布为蒙古都统。乙卯日，《易经日讲》编纂完成，皇帝亲自撰写序言并颁布发行。尚书朱之弼、左都御史徐元文因举荐的人不称职被免职。乙丑日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除山东、山西、甘肃、江西、湖广、广西等省二十个州县因灾应缴纳的赋税。朝鲜、琉球前来进贡。
清康熙二十三年（公元1684年）春正月辛巳日，皇帝前往南苑进行围猎。丙戌日，加封安亲王岳乐的儿子袁端为勤郡王。壬辰日，皇帝下令整顿严肃朝会的礼仪规范。此时罗刹占据着雅克萨、尼布潮两座城池，皇帝下令断绝与他们的贸易往来，并派萨布素率兵逼近。
二月乙巳日，皇帝亲临经筵讲学。癸丑日，皇帝巡视京城周边地区。丙寅日，皇帝返回并驻扎在南苑。大学士黄机被罢官。乙丑日，给事中王承祖上疏请求皇帝东巡，皇帝下令查核相关典礼并上报。
三月壬申日，朝廷任命刘国轩为天津总兵官，刘国轩上朝辞行时，皇帝赏赐他白银二百两、绸缎三十匹、宫内马厩的鞍马一匹。丁亥日，皇帝撰写了五台山碑文，并召集廷臣展示。他告诉廷臣说：“近来的人每当一篇文章完成，就不喜欢别人修改指正，这就是文章之所以写得不好的原因。”
夏四月己酉日，朝廷在台湾设置府县官员，隶属福建行省。壬子日，刑部左侍郎宋文运请求退休，皇帝下令加授他太子少保衔后退休。庚申日，皇帝下谕凡是一件事涉及两个部门的，都要会同一起上奏。乙丑日，皇帝告诫讲官：“讲章以精准切实、明白清晰为最好，不要追求繁杂冗长。我看张居正所著的《尚书》《四书直解》，含义都精准实在，没有空洞无用的言辞，值得作为典范。”江南江西总督于成龙去世，朝廷给予祭葬的待遇，谥号为清端。
五月丁卯日，朝廷裁撤浙江总督一职。任命公瓦山为满洲都统。己巳日，开始修订《大清会典》。丙子日，任命孙思克为甘肃提督。辛巳日，皇帝命令朝廷大臣举荐清廉的官员。九卿举荐了格尔古德、苏赫、范承勋、赵仑、崔华、张鹏翮、陆陇其等人。癸未日，起用巴海为蒙古都统。甲申日，皇帝前往古北口，下诏车驾所经过的地方不要践踏田地庄稼。乙未日，惠郡王博翁果诺因陪祀时不恭敬而获罪被削去爵位。王大臣商议上奏说侍郎宜昌阿、巡抚金侨在查看尚之信的家产时，隐瞒侵蚀白银八十九万两，并且杀害了商人沈上达，应当斩首。郎中宋俄讬、员外郎卓尔图以及审理不实的侍郎禅塔海应当绞死。皇帝听从了这个建议。下诏追回的白银不纳入内务府，交给户部充当军饷。
六月丁未日，琉球请求派遣子弟进入国子监读书，皇帝准许了。甲寅日，暹罗国王森列拍腊照古龙拍腊马呼陆坤司由提呀菩挨派遣陪臣进言说进贡的船只到达虎跳门后，被阻滞了很长时间，常常导致船只损坏。请求皇帝谕令广东的官吏准许贡船驶入河下，早点登岸，进行贸易采购，不要被阻拦。皇帝听从了这个请求。皇帝谕令一等侍卫阿南达说：“我看待外旗蒙古与八旗是一样的。如今巡视途中，看到他们衣食困苦，内心深感怜悯。你立即传谕所经过地方无依无靠的蒙古人，允许他们来见我，询问他们的生计情况。”于是蒙古人扶老携幼，在行宫门前叩拜。皇帝详细询问他们的年龄和生计，赐给他们银两和布匹。乙卯日，皇帝视察牧群，赏赐随从大臣马匹。刑部尚书魏象枢再次上疏请求退休，皇帝应允了。丁巳日，任命汤斌为江苏巡抚。
七月乙亥日，任命宋德宜为大学士。辛巳日，皇帝驻扎在英尼汤泉。任命佟佳为蒙古都统。
八月戊申日，皇帝返回京城。甲寅日，大学士李霨去世，朝廷派遣官员前往祭奠，赏赐祭葬的待遇，谥号为文勤。甘肃提督靖逆侯张勇去世，朝廷给予祭葬的待遇，谥号为襄壮。
九月甲子朔日，停止本年的秋季处决犯人。丙寅日，任命张士甄为刑部尚书，博济为满洲都统。由于铜钱价格昂贵，重新铸造钱币，重量减少四分之一。允许百姓开采铜铅，不征收赋税。丁卯日，改任梁清标为兵部尚书，余国柱为户部尚书。庚午日，任命蒙古都统阿拉尼兼任理藩院尚书。癸酉日，任命陈廷敬为左都御史，莽奕禄为蒙古都统。丁亥日，皇帝下诏南巡时车驾所经过的地方，免除当地一年的赋税。辛卯日，皇帝启程。
冬十月壬寅日，皇帝到达泰安，登上泰山，祭祀东岳。辛亥日，皇帝到达桃源，视察河工，慰劳服劳役的民夫，告诫河道官吏不要侵吞克扣财物。皇帝亲临视察天妃闸。并与河道大臣靳辅讨论治理黄河的方略。壬子日，皇帝渡过淮河。甲寅日，皇帝到达高邮湖，登岸行走了十多里，询问年高有德的老人的疾苦。丙辰日，皇帝前往焦山、金山，渡过扬子江，在舟中回头对侍臣说：“这些都是战舰啊。如今用来供巡视所用，但曾经的艰难不可忘记。”丁巳日，解除海禁。戊午日，皇帝驻扎在苏州。庚申日，皇帝前往惠山。皇帝告诫巡抚：百姓从远道而来观看，那些不能回家的要资助他们返乡。
十一月壬戌朔日，皇帝驻扎在江宁。癸亥日，皇帝前往明皇陵祭奠。乙丑日，皇帝启程返回。船停泊在燕子矶时，皇帝读书到三更时分。侍臣高士奇请求说：“陛下龙体过于劳累，应该稍微节制保养身体。”皇帝说：“我从五岁开始读书，诵读常常到半夜，乐于此道并不感到疲倦。”丁卯日，皇帝命令伊桑阿、萨穆哈视察海口。皇帝谕令说：“海口泥沙淤积多年，于是导致堵塞。一定要将水道疏通，才能免除水患。即使花费很多经费，也在所不惜。”辛未日，皇帝亲临视察高家堰。皇帝到达宿迁。经过白洋河时，赏赐给老人白银。戊寅日，皇帝到达曲阜。己卯日，皇帝前往先师庙，进入大成门，行九叩大礼。到诗礼堂，讲解《易经》。皇帝登上大成殿，瞻仰先圣孔子的画像，观看礼器。到圣迹殿，阅览图书。到杏坛，观看所种植的桧树。进入承圣门，汲取孔井的水品尝。皇帝询问鲁壁的遗迹，博士孔毓圻回答得非常详细，皇帝赏赐他官职为助教。皇帝前往孔林在墓前酹酒。书写“万世师表”匾额。留下曲柄黄盖。赏赐衍圣公孔毓埏在次日讲解各经一部。免除曲阜明年的租赋。庚寅日，皇帝返回京城。任命马哈达为满洲都统。
十二月壬辰朔日，任命石文炳为汉军都统。癸卯日，皇帝命令公瓦山前往黑龙江视察军队，佟宝、佛可托作为副手，防备罗刹。甲辰日，赏赐公郑克塽、伯刘国轩、冯锡范田地和住宅，隶属汉军。丙午日，皇帝命令流放的人在冬季严寒时节过后再派遣出发。丙辰日，皇帝拜谒皇陵，赏赐守陵官兵牛羊。己未日，皇帝回宫。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、河南、湖广等省二十六个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、暹罗前来进贡。
清康熙二十四年（公元1685年）春正月癸酉日，皇帝祭祀太庙，下谕说：“赞礼郎宣读祝文时，读到朕的名字，声音总是不响亮，这不符合在父亲面前儿子直呼自己名字的道理。从今以后都要大声宣读。”癸未日，皇帝命令公彭春前往黑龙江督察军务。命令侯林兴珠率领福建藤牌兵跟随他一同前往。让班达尔沙、佟宝、马喇参与军事事务。乙丑日，在保和殿对翰林院和詹事府的官员进行考试，皇帝亲自确定他们的名次等级，其中不称职的官员被改任其他官职。戊子日，皇帝命令将蒙古科尔沁十旗所进贡的牛羊送往黑龙江军队驻地。
二月庚子日，皇帝命令周公的后裔东野氏担任五经博士，并给予祭祀用的田地。任命额赫纳为满洲都统。癸卯日，皇帝亲临经筵讲学。乙卯日，皇帝巡视京城周边地区。庚申日，皇帝返回京城。再次赏赐刘国轩住宅。任命范承勋为广西巡抚。
三月壬戌日，皇帝撰写的孔子庙碑文完成，并亲自书写后立碑。重新修订《赋役全书》。辛巳日，皇帝赐陆肯堂等一百二十一人不同等级的进士及第、出身。
夏四月辛卯日，授予宋代理学大儒周敦颐的裔孙五经博士的职位。丙申日，授予李之芳轻车都尉的世袭职位。戊戌日，马喇将所俘获的罗刹人进献给朝廷，皇帝命令在军队驻地将他们释放遣返。辛丑日，皇帝下诏，因为直隶连年遭受旱灾，拖欠的赋税六十多万两全部免除，并且免除今年正赋的三分之一。皇帝下诏让医官广泛采集医学典籍中的内容，编纂成一部书。庚戌日，设立内务府官学。
五月癸未日，皇帝下诏，厄鲁特济农背离自己的本部，前来归附中原文化，应该加以爱护供养，给予他们田地和住宅。编纂《政治典训》。甲申日，因为原广西巡抚郝浴做官期间廉洁奉公，全部免除他应该追缴的国库欠款。彭春等人攻打雅克萨城，罗刹前来支援，林兴珠率领藤牌兵在江中迎击，打败了他们，击沉了罗刹的船只，首领额里克舍请求投降。
六月庚寅朔日，皇帝前往塞外巡视，启程出发。戊戌日，皇帝返回京城。癸卯日，皇帝下诏说：“鄂罗斯进入我国边塞，侵扰鄂伦春、索伦、赫哲、飞牙喀等地的民众，盘踞在雅克萨城长达四十年。如今成功取得战绩，参与此事的人员，都给予优厚的奖励和提拔。应该在什么地方长久驻扎官兵，立即商议并上奏。”皇帝对汉军笔帖式、监生进行考试，交白卷的有八百人，全部被斥责革职，让他们回去读书后再进行考试。乙巳日，皇帝再次前往塞外巡视。
秋七月壬申日，设立吉林、黑龙江的驿路，一共十九个驿站。
八月丙午日，皇帝驻扎在拜巴哈昂阿，赏赐前往行宫朝见的蒙古王爷、贝勒冠服和银币。
九月戊午朔日，皇帝听说太皇太后身体不适，于是启程返回。己未日，皇帝快速赶回京城，亲自侍奉医药，太皇太后不久就康复了。辛巳日，陕西提督王进宝去世，追赠太子太保，给予祭葬的待遇，谥号为忠勇。甲申日，皇帝命令副都统温代、纳秦驻防黑龙江，博定修筑墨尔根城，增加供给夫役，并同时命令进行屯田。乙酉日，任命吴英为四川提督。
冬十月甲午日，皇帝前往南苑。戊戌日，厄鲁特的使者伊特木因杀人罪被判处死刑，在闹市执行。己亥日，任命瓦代为满洲都统。庚子日，规定外藩王以下，每年进贡一只羊、一瓶酒。丙午日，出现了庆云的祥瑞景象。己酉日，靳辅请求将黄河干涸后露出的田亩租给佃民，收取佃民的费用来偿还工程费用。皇帝说：“如果这样做就会使百姓受累了。不要这样做。”甲寅日，任命博霁为江宁将军。
十一月丁巳朔日，发生了日食。庚申日，任命莽奕禄为满洲都统，塔尔岱为蒙古都统。甲戌日，皇帝在卢沟桥举行大规模阅兵。丙子日，靳辅、于成龙遵照皇帝的召见来到京城，商议治理黄河的方略。靳辅提议开凿六条河并修建长堤。于成龙请求疏浚海口的旧河道。大学士将他们的意见上奏给皇帝。皇帝说：“两种说法都有道理，可以询问高、宝七州县在京的官员，哪种方案对百姓更有利。”侍读乔莱上奏说，听从于成龙的建议，工程容易完成，而且对百姓有好处。皇帝下令让于成龙动工。不久因为民情不便而停止。己卯日，皇帝赐予鄂内、坤巴图鲁散秩大臣的职位，让他们在家居住，这两人都是太宗朝的旧臣。乙酉日，皇帝下诏说：“初一发生了日食，过了十六日又发生了月食。一个月之内，日月交替出现亏蚀。天象显示出警示，应该赶快进行反省和修身。朝廷大臣们集中商议后上奏。”
十二月庚寅日，任命察尼为奉天将军。己亥日，皇帝拜谒孝陵。癸卯日，皇帝回宫。甲寅日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除江南、江西、山东、山西、湖广等省七十四个州县卫所因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、琉球、噶尔丹前来进贡。
清康熙二十五年（公元1686年）春正月丙申日，皇帝命令马喇监督黑龙江的屯田事务。鄂罗斯再次占据雅克萨，皇帝命令萨布素率领军队驱逐他们。
二月甲辰日，重新修订的《太祖实录》完成。丁未日，皇帝下诏说：“国家平定叛逆的贼孽，征服偏远的边疆地区，只应该宣扬朝廷的德政和旨意，使他们敬畏和归服。近来看到云南、贵州、四川、广东的官吏，不善于安抚百姓，多施行苛刻暴虐的政策，贪污腐败、滋生事端，假借名义邀功请赏。我想那些土司和苗蛮，既然已经归顺朝廷接受教化，又有什么矛盾冲突，导致争斗不止、不得安宁呢。一定要推行诚信，教化引导、安抚他们，以符合我安抚统治偏远地区的深切意愿。”停止在四川采集运输木材。己酉日，文华殿建成。壬子日，在传心殿祭祀至圣先师孔子。癸丑日，皇帝亲临经筵讲学。任命津进为领侍卫内大臣。
三月戊午日，皇帝命令修建栖流所。己未日，皇帝命令编纂《一统志》。甲戌日，任命汤斌为礼部尚书，同时兼管詹事府事务。
夏四月乙酉朔日，皇帝命令阿拉尼前往喀尔喀七旗主持会盟。庚寅日，皇帝下诏说：“赵良栋以前在逆贼盘踞汉中的时候，首先率军进入四川，功绩显著。又领兵直接抵达云南，攻克省城之后，唯独他能够严格遵守法纪，廉洁自律，非常值得嘉奖。如今他已经衰老而解除职务，应该恢复他勇略将军、兵部尚书、总督的官职，以表示朝廷的关怀和重视。”命令郎谈、班达尔沙、马喇前往黑龙江参与军事谋划。追赠在陕西战死的平逆将军毕力克图、参赞阿尔瑚世袭职位。甲午日，皇帝下诏征求散失的书籍。戊申日，调万正色为云南提督，任命张云翼为福建陆路提督。辛亥日，开始命令顺天等属地的旗庄屯丁，编查保甲，与民户一样管理。
闰四月辛未日，任命范承勋为云南贵州总督。
五月丁亥日，皇帝下诏毁掉天下的淫祠。
六月乙亥日，记录平南大将军赖塔、都统赵赖等人依次的功绩，分别授予他们不同等级的世袭职位。戊寅日，任命阿兰泰为左都御史。
秋七月己酉日，赐予荷兰国王耀汉连氏甘勃氏华丽的丝织品和白银，命令荷兰的使臣带着书信前往鄂罗斯。吏部上奏确定侍读、庶子以下各官员中，学问不达标者，以同知、运判的官职外调。皇帝听从了这个建议。辛亥日，皇帝前往塞外巡视。
八月辛未日，皇帝驻扎在乌尔格苏台。丙子日，皇帝返回京城。任命索额图为领侍卫内大臣。丁丑日，皇帝下诏让萨布素包围雅克萨城，阻挡罗刹的援军，让博定参与军事事务。戊辰日，皇帝下诏让天下的学宫尊崇祭祀先代的儒者。庚辰日，皇帝下诏增加孔林的田地十一顷多，这是听从了衍圣公孔毓埏的请求，并免除这些田地的赋税。
九月己丑日，任命班达尔沙为蒙古都统。乙巳日，任命图纳为四川陕西总督。丁未日，任命陈廷敬为工部尚书，马齐为山西巡抚。己酉日，鄂罗斯察汉汗派遣使者前来请求解除雅克萨之围。皇帝准许了。这个月，内大臣拉笃祜奉皇帝的诏令与罗卜藏济农以及噶尔丹划定地界后返回。
冬十月丙辰日，调张士甄为礼部尚书，任命胡升猷为刑部尚书。
十一月庚子日，皇帝拜谒孝陵。赏赐蒙古喀喇沁的士兵中曾征讨浙江、福建立有战功的人。
十二月癸丑日，皇帝回宫。丙辰日，皇帝命令侍郎萨海督察凤凰城的屯田事务。癸亥日，皇帝下谕说：“纠仪御史纠察一定要严格，如果朕有不恭敬的行为，也应当上奏检举。”戊寅日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除直隶、江南、浙江、湖广、甘肃等省二十七个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、安南、荷兰、吐鲁番前来进贡。
清康熙二十六年（公元1687年）春正月戊子日，朝廷派遣医官前往雅克萨为军士治疗疾病，对于那些愿意就医的罗刹人也一并给予医治。丙申日，蒙古的土谢图汗、车臣汗以及济农联合上疏请求为皇帝上尊号，皇帝没有答应。乙巳日，大学士吴正治请求退休，皇帝应允了他的请求。
二月癸丑日，皇帝在卢沟桥举行大规模阅兵。原任湖广总督蔡毓荣将吴三桂的孙女隐藏起来作为妾室，还隐匿获取逆贼的财物，被减免死罪，处以鞭刑一百下，戴枷示众三个月，抄没家产，并且连同他的儿子一起发配到黑龙江。原来审理此案的尚书禧佛等人因犯有隐瞒庇护的罪行，分别被降职革职。甲寅日，任命余国柱为大学士。庚申日，皇帝命令八旗的都统、副都统轮流进入紫禁城值班。丁卯日，任命张玉书为刑部尚书。壬申日，户部上奏浒墅关监督桑额超额征收白银二万一千多两。皇帝降旨说：“设立关卡征税，原本是为了稽查奸邪不法之人。桑额多收超出规定数额的银子，还私自封闭便民桥，以至于扰害商人和百姓。着令严加审议处置。以后掌管征税的官员如果有额外横征暴敛的，该部要严厉告诫他们。”
三月己丑日，任命董讷为江南江西总督。癸巳日，任命王鸿绪为左都御史。癸卯日，皇帝驾临太和门处理朝政，告诫大学士等人详细讨论政务上的缺失之处，众人都以没有弊端可陈述来回答。皇帝说：“尧、舜的时代，官府修明、政事和谐，然而尚且兢兢业业，不敢说已经治理得很好、社会已经安定了。汉文帝也是古代的贤明君主，贾谊还能指出陈述其中的得失，直言进谏。如今只说君主圣明、大臣贤能，政治没有缺失，难道国家果真没有一件事可以谈论吗？大小臣子，都应该尽心做好自己的本职工作，把国家的事情当作自己家的事情，有所见闻，就进宫陈奏，不要隐瞒。”任命马世济为贵州巡抚。
夏四月己未日，皇帝告诉大学士说：“编纂《明史》的各位大臣，曾经参看过前明的实录吗？如果不参看过实录，真实和虚假从哪里能够全部知晓呢。《明史》编成的时候，应该将实录一并保存，让后世的人有所考证。”丙寅日，任命田雯为江苏巡抚。癸酉日，废除科道官员侍班的制度。
五月己亥日，宗人府上奏说平郡王纳尔都打死了没有罪过的下属人员，还折断其手足，请求革除他的爵位并圈禁。皇帝降旨：“革除爵位，免去圈禁。”庚辰日，皇帝下诏说：“今年仲夏，长时间干旱且多风，阴阳失调，还有比这更大的灾祸吗。因此我减少膳食、撤去音乐，在斋戒的居所默默祈祷。虽然降下了甘霖，但还没有完全滋润充足。这都是因为我的德行浅薄，不能向上感动上天的心意。政令中有对百姓不方便的要进行更改。罪行不是通常的赦免所不能原谅的都予以赦免。”戊子日，皇帝召见陈廷敬、汤斌等十二人，分别让他们写文章进行考试。皇帝告诫说：“我闲暇时与熊赐履讲论经史，有疑问必定询问。接着张英、陈廷敬依次进宫讲学，对我大有裨益。德格勒每次都喜欢评论当时人的学问，我心里认为这样不对，所以这次召见考试，优劣就很明显了。”壬辰日，皇帝撰写周公、孔子、孟子庙的碑文，并亲自书写后刻石立碑。
六月丁酉日，皇帝身穿素服步行，在天坛祈雨。当天夜里，就下了雨。辛丑日，将祭祀北海的地点改在混同江。任命杨素蕴为安徽巡抚。
秋七月戊子日，鄂罗斯派遣使者前来议和，皇帝命令萨布素退兵。丙午日，户部请求裁减京官的公费。皇帝降旨不予裁减。
八月己酉日，皇帝前往塞外巡视。癸丑日，皇帝到达博洛和屯进行围猎。甲戌日，皇帝赏赐外藩银币。
九月己卯日，皇帝返回京城。辛巳日，于成龙进献嘉禾。皇帝说：“今年夏天干旱，幸好下了雨，这还不足以称为祥瑞。”壬午日，任命李之芳为大学士。乙未日，调汤斌为工部尚书。起用徐元文为左都御史。
冬十月癸丑日，皇帝巡视京城周边地区。甲子日，皇帝返回并驻扎在申昜春园。
十一月甲申日，任命李正宗为汉军都统。丙申日，太皇太后身体不适。皇帝前往慈宁宫侍奉照顾。
十二月乙巳朔日，皇帝因为太皇太后身体不适，亲自撰写祝文，步行到天坛祈祷。癸亥日，任命王永誉为汉军都统。乙丑日，湖广巡抚张因为被御史陈紫芝弹劾其贪婪，侍郎色楞额起初审查不实。到这时，皇帝命令于成龙、马齐、开音布迅速前往捉拿，追究拟定其死罪，陈紫芝被提拔到京城任职。己巳日，太皇太后驾崩。皇帝痛哭跳跃，查看入殓的衣物，割掉辫子，穿上丧服，居住在慈宁宫的守丧小屋中。甲戌日是除夕，群臣请求皇帝回宫，皇帝没有答应。
这一年，朝廷免除直隶、山东、山西、江西等省四个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙二十七年（公元1688年）春正月戊子日，皇帝居住在乾清门外左边的帐幕中。乙未日除去丧服。丁酉日开始处理朝政。
二月壬子日，大学士勒德洪、明珠、余国柱因有罪被免职，李之芳被免去御史之职，这是因为郭琇上疏弹劾他们。尚书科尔昆、佛伦、熊一潇都被罢官。甲寅日，任命梁清标、伊桑阿为大学士，李天馥为工部尚书，张玉书为兵部尚书，徐乾学为刑部尚书。确定宗室袭封的年例规定。
三月乙亥日，任命马齐为左都御史。辛巳日，皇帝召见朝廷大臣以及董讷、靳辅、于成龙、佛伦、熊一潇等人商议治理黄河的事务。第二天也同样召见商议。乙酉日，色楞额因为在审查张的案件中欺罔皇上被判处死刑，总督徐国相因为徇私庇护，侍郎王遵训等人因为随意举荐，都被免去官职。己丑日，任命王新命为河道总督。辛卯日，裁撤湖广总督一职。丁酉日，追究在治理黄河工程事务中相互攻击的各位大臣的责任，董讷、熊一潇、靳辅、慕天颜、孙在丰都被削去官职，并且将赵吉士、陈潢治罪。己亥日，增派督捕理事官张鹏翮、兵科给事中陈世安，会同内大臣索额图与鄂罗斯商议约定边界。壬寅日，皇帝赐沈廷文等一百四十六人不同等级的进士及第、出身。李光地因胡乱举荐德格勒被商议处置。皇帝降旨：“李光地以前在收复台湾一役中有功劳，仍然以学士的身份任用。”
夏四月癸卯朔日，发生了日食。戊申日，任命傅拉塔为江南江西总督。己酉日，皇帝亲自护送太皇太后的梓宫到暂安奉殿安放。之后在此地建陵，称为昭西陵。皇帝返回途中到蓟州时除去丧发。甲寅日，因为厄鲁特侵犯喀尔喀，皇帝派遣使者晓谕噶尔丹。戊辰日，皇帝回宫。庚午日，命令侍郎成其范、徐廷玺查阅黄河工程。
五月己卯日，吏部尚书陈廷敬、刑部尚书徐乾学因为生病被罢官。甲午日，任命纪尔他布为兵部尚书。丙申日，皇帝拜谒祭祀暂安奉殿。
六月甲辰日，湖广督标裁撤的士兵夏逢龙发动叛乱，占据武昌，巡抚柯永升投井而死，代理布政使兼粮道叶映榴痛骂叛贼后遇害。皇帝命令瓦岱佩戴振武将军印前去征讨。庚申日，阿喇尼上奏说噶尔丹侵犯厄尔德尼招，哲卜尊丹巴、土谢图汗逃走。朝廷发兵防备边境。戊辰日，起用熊赐履为礼部尚书，徐元文为左都御史。任命翁叔元为工部尚书。
秋七月癸酉日，任命辅国公化善为蒙古都统。乙酉日，湖广提督徐治都在应城大败夏逢龙，在鲤鱼套焚烧叛贼的船只，叛贼逃到黄冈。丙戌日，皇帝前往塞外巡视。戊子日，南阳总兵史孔华收复汉阳。庚寅日，瓦岱收复黄州，抓获夏逢龙，将其处以磔刑诛杀，叛乱被平定。壬午日，云南提督万正色侵吞冒领兵饷，按照法律判处死刑。皇帝念及他以前被叛贼攻陷时坚守志向不屈服，在军队中经历过多次血战，功劳很大，免去他的死罪，革去提督的职务，仍然保留他的世袭职位。壬辰日，皇帝驻扎在喀尔必哈哈达，有一座山峰旧名叫纳哈里，高一百几十丈，皇帝射出几支箭都越过了峰顶，赐予它现在的名字。
八月癸卯日，皇帝驻扎在巴颜沟进行围猎。叶映榴的遗疏送到，追赠他为工部侍郎，交予相关部门优厚抚恤。乙卯日，张玉书上奏说查阅黄河工程，大多采用了靳辅以前的建议。
九月壬申日，派遣彭春、诺敏率领军队驻扎在归化城防备边境。这时喀尔喀被噶尔丹攻破，迁徙到靠近内地的边境。派遣阿喇尼前往宣布晓谕，并运送粮食赈济安抚。辛卯日，皇帝返回京城。癸巳日，重新设立湖广总督，任命丁思孔担任此职。
冬十月癸卯日，调杨素蕴为湖广巡抚。庚戌日，任命辅国公绰克讬为奉天将军。乙卯日，给去世的太皇太后上尊谥为孝庄文皇后。辛酉日，将太皇太后的神位升附太庙，并向朝廷内外颁布诏书。
十一月辛卯日，荆州将军噶尔汉等人因为讨伐叛贼时逗留不前被剥夺职务，处以鞭刑一百下，官吏中跟随叛贼接受官职的逮捕治罪，其余的人宽恕。
十二月庚子日，任命希福为蒙古都统。甲辰日，建造福陵、昭陵的圣德神功碑，皇帝亲自撰写碑文。皇帝拜谒孝庄山陵。乙巳日，任命尼雅翰为西安将军。己酉日，晋升张玉书为礼部尚书；徐元文为刑部尚书，再晋升为户部尚书。丙寅日，皇帝返回京城。兵部、工部联合上疏说福建以前建造炮船审核后减少工料银二万多两，应该责令已故总督姚启圣的名下进行追赔。皇帝认为姚启圣在经营收复台湾时很有功劳，无需责令追赔。
这一年，朝廷免除江南、江西、湖广、云南、贵州等省三十三个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、琉球前来进贡。