孝武皇帝名叫司马曜，字昌明，是简文帝的第三个儿子。兴宁三年七月甲申日，他初次被封为会稽王。咸安二年秋七月己未日，被立为皇太子。就在这一天，简文帝驾崩，太子司马曜随即登上皇帝之位。
新帝登基后下诏说：“我实在不幸，突然遭遇如此惨痛的丧事，呼天抢地，却不知能向谁倾诉。我年纪尚小，孤弱无依，就像那旗帜上的飘带般飘摇，深感国家社稷责任重大，十分担心自己不能肩负起这重任。只能仰仗祖宗的在天之灵，以及历代积德所带来的福佑。先帝有着淳厚的风范和玄妙的教化，他留下的恩泽还在百姓心中流传。朝中宰辅大臣英明贤能，功勋卓著、品德高尚。临终托付的重任，实在依赖他们的匡正和教导。希望众大臣各尽职守，百官勤勉政务，让我这孤弱之身有所寄托，使皇位根基不会坠落。先帝遗留的恩泽，遍布四海，我想将这恩泽进一步弘扬，让百姓生活安康。因此大赦天下，与百姓一起开创新的局面。”
九月甲寅日，司马曜追尊自己的生母会稽王妃为顺皇后。冬十月丁卯日，将简文皇帝安葬在高平陵。十一月甲午日，妖贼卢悚在清晨闯入宫殿庭院，游击将军毛安之等人前去讨伐并将其擒获。这一年，三吴地区发生大旱灾，很多人饿死，皇帝下诏让当地官府进行赈济。同时，苻坚攻陷仇池，俘虏了秦州刺史杨世。
宁康元年春正月己丑初一，改年号为宁康。二月，大司马桓温前来朝见。三月癸丑日，皇帝下诏废除丹杨竹格等四座浮桥的税赋。夏天五月，发生旱灾。秋七月己亥日，身兼使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军、徐兖二州刺史、南郡公等职的桓温去世。庚戌日，右将军桓豁晋升为征西将军。江州刺史桓冲被任命为中军将军、都督扬豫江三州诸军事、扬州刺史，镇守姑孰。八月壬子日，崇德太后临朝摄政。九月，苻坚的部将杨安进犯成都。丙申日，朝廷任命尚书仆射王彪之为尚书令，吏部尚书谢安为尚书仆射，吴国内史刁彝为北中郎将、徐兖二州刺史，镇守广陵。同时，重新设置光禄勋、大司农、少府等官职。冬十月，西平公张天锡进贡地方特产。十一月，苻坚的部将杨安攻陷梓潼以及梁、益二州，刺史周仲孙率领五千骑兵向南逃走。
宁康二年春正月癸未初一，大赦天下。追封并谥号已故的会稽世子司马郁为临川献王。己酉日，北中郎将、徐兖二州刺史刁彝去世。二月癸丑日，丹杨尹王坦之被任命为北中郎将、徐兖二州刺史。丁巳日，有彗星出现在女宿和虚宿之间。三月丙戌日，彗星又出现在氐宿。夏四月壬戌日，皇太后下诏说：“近来天象有些异常，上天显示出不同寻常的迹象，我仰头看到这些变化，心中充满震惊和恐惧。通过顺应变化来获得吉祥，这是自古以来的道理，我怎敢不诚心反思，寻求应对之策呢？而且三吴地区是富饶的宝地，是国家的重要郡县，然而水旱灾害接连发生，百姓失去生计，我日夜担忧，无法释怀，应当及时进行救济，拯救他们于困苦之中。三吴地区的义兴、晋陵以及会稽遭受水灾特别严重的县，全部免除一年的租税和布帛，其次的县可以免除半年，接受赈济贷款的百姓就把这些贷款赏赐给他们。”
五月，蜀人张育自称蜀王，率领众人包围成都，还派遣使者表示愿意称臣。秋七月，凉州发生地震，山体崩塌。苻坚的部将邓羌攻打张育，并将其消灭。八月，因为即将修建长秋宫（皇后所居之宫），暂时停止婚姻之事。九月丁丑日，有彗星出现在天市垣。冬十一月己酉日，天门的蜑族盗贼攻打郡县，太守王匪战死，征西将军桓豁派遣军队前去讨伐并平定了叛乱。长城人钱步射、钱弘等人发动叛乱，吴兴太守朱序将其平定。癸酉日，镇远将军桓石虔在垫江打败了苻坚的部将姚苌。
太元三年春正月辛亥日，朝廷宣布大赦天下。夏天五月丙午日，北中郎将、徐兖二州刺史、蓝田侯王坦之去世。甲寅日，朝廷做出人事调整，将中军将军、扬州刺史桓冲任命为镇北将军、徐州刺史，镇守丹徒，同时让尚书仆射谢安兼任扬州刺史。
到了秋八月癸巳日，皇帝册立了皇后王氏，并且再次大赦天下，给文武官员都提升了一级官位。九月，皇帝开始讲解《孝经》。冬十月癸酉初一，出现了日食现象。十二月甲申日，神兽门发生火灾。癸未日，皇太后下达诏书说：“近来日食的出现预示着灾变，水旱灾害频发，虽然我努力克制自己，思考着如何拯救，但还没有找到完全有效的办法。现在赏赐给贫困的百姓每人五斛米。”癸巳日，皇帝在中堂举行祭奠先师的释奠仪式，祭祀孔子，并让颜回配享。
太元元年春正月壬寅初一，皇帝举行加冠礼，然后前往太庙祭拜祖先。随后，皇太后将朝政大权归还皇帝。甲辰日，朝廷大赦天下，并更改年号为太元。丙午日，皇帝开始亲自处理朝政。在官员任命方面，朝廷将征西将军桓豁晋升为征西大将军，领军将军郗愔晋升为镇军大将军，中军将军桓冲晋升为车骑将军，同时给尚书仆射谢安加授中书监、录尚书事的职位。甲子日，皇帝前去拜谒建平等四座皇陵。
夏天五月癸丑日，发生了地震。甲寅日，皇帝下诏说：“近来上天监察着我们，多次降下灾异警示，我心中十分恐惧，深感不安。我思考着应该如何审议刑狱、延缓死刑，赦免过错、宽恕罪行，希望借着这重大的灾变，与天下百姓一起重新开始。”于是再次大赦天下，给文武官员各提升一级官位。六月，朝廷封河间王司马钦的儿子司马范之为章武王。
秋七月，苻坚的部将苟苌攻陷凉州，俘虏了刺史张天锡，完全占据了凉州之地。乙巳日，朝廷废除了按田亩收租的制度，规定王公以下每人征收三斛米的口税，并且免除正在服劳役的人的赋税。冬十月，朝廷将淮北的流民迁移到淮南。十一月己巳初一，又出现了日食现象，皇帝下诏让太官减少膳食。十二月，苻坚派他的部将苻洛攻打代国，擒获了代王涉翼犍。
太元二年春正月，朝廷延续断绝的世系，继承功臣的爵位。三月，朝廷任命兖州刺史朱序为南中郎将、梁州刺史，监沔中诸军，镇守襄阳。闰月壬午日，发生地震。甲申日，刮起暴风，吹折树木，掀翻房屋。
夏天四月己酉日，下起了冰雹。五月丁丑日，又一次发生地震。六月己巳日，再次刮起暴风，飞沙走石。林邑国前来进贡地方特产。秋七月乙卯日，老人星显现。八月壬辰日，车骑将军桓冲前来朝见皇帝。丁未日，朝廷任命尚书仆射谢安为司徒。丙辰日，身兼使持节、都督荆梁宁益交广六州诸军事、荆州刺史、征西大将军的桓豁去世。
冬十月辛丑日，朝廷做出新的任命，让车骑将军桓冲都督荆江梁益宁交广七州诸军事，兼任护南蛮校尉、荆州刺史，让尚书王蕴担任徐州刺史、督江南晋陵诸军，让征西司马谢玄担任兖州刺史、广陵相、监江北诸军。壬寅日，散骑常侍、左光禄大夫、尚书令王彪之去世。十二月庚寅日，朝廷任命尚书王劭为尚书仆射。
太元三年春二月乙巳日，朝廷开始修建新的宫殿，皇帝暂时移居到会稽王的府邸。三月乙丑日，天气突变，雷雨交加，还刮起了暴风，许多房屋被掀翻，树木被吹折。
夏天五月庚午日，陈留王曹恢去世。六月，发生了大水灾。秋七月辛巳日，皇帝迁入新建成的宫殿。乙酉日，在南方的夜空中出现了老人星。
太元四年春正月辛酉日，朝廷宣布大赦天下，并且规定郡县中遭遇水旱灾害的地方可以减免租税。丙子日，皇帝前去拜谒建平等七座皇陵。二月戊午日，苻坚派他的儿子苻丕攻陷了襄阳，俘获了南中郎将朱序，紧接着又攻陷了顺阳。三月，爆发了大规模的瘟疫。壬戌日，皇帝下诏说：“狡猾的敌寇肆意侵扰，边境的藩镇守卫沦陷，边疆的忧患比平日更为严重。朝廷内外的各位官员，都应该全心全意、齐心协力地处理各种事务，让国家安定繁荣。而且今年粮食歉收，百姓大多生活匮乏。现在下诏，宫廷的供应要遵循节俭的原则，皇室九亲的供给以及众官员的俸禄，暂且可以减半发放。凡是各种劳役和费用，只要不是军国大事的关键所需，都应该停止或节省，以适应当前的形势。”癸未日，皇帝派右将军毛武生率领军队讨伐蜀地。
夏天四月，苻坚的部将韦钟攻陷魏兴，太守吉挹宁死不屈，以身殉国。五月，苻坚的部将句难、彭超攻陷盱眙，高密内史毛璪之被敌人俘虏。六月，出现了大旱灾。戊子日，征虏将军谢玄与彭超、句难在君川交战，大获全胜，将敌军打得大败。秋八月丁亥日，朝廷任命左将军王蕴为尚书仆射。乙未日，又刮起了暴风，飞沙走石。九月，盗贼杀死了建安太守傅湛。冬十二月己酉初一，出现了日食现象。
太元五年春正月乙巳日，皇帝前去拜谒崇平陵。夏天四月，发生了严重的旱灾。癸酉日，朝廷大赦五岁以下刑罚的罪犯。五月，又遭遇了大水灾。朝廷任命司徒谢安为卫将军、仪同三司。六月甲寅日，雷电击中含章殿的四根柱子，还不幸导致两名内侍死亡。甲子日，因为连年的灾荒和物资匮乏，朝廷再次大赦天下，太元三年以前拖欠的租税和旧债全部免除，对于那些鳏寡孤独、贫穷困苦且无法维持生计的人，每人赏赐五斛米。丁卯日，朝廷任命骠骑将军、琅邪王司马道子为司徒。秋九月癸未日，皇后王氏去世。冬十月，九真太守李逊占据交州发动叛乱。十一月乙酉日，将定皇后安葬在隆平陵。
太元六年春正月，皇帝开始信奉佛法，在宫殿内修建了精舍，邀请了许多僧人居住在里面。丁酉日，朝廷任命尚书谢石为尚书仆射，并且首次设置了督运御史这一官职。夏天六月庚子初一，出现了日食现象。扬、荆、江三州发生了大水灾。己巳日，朝廷改革制度，减少繁琐的费用，裁减官吏和士兵七百人。秋七月丙子日，朝廷再次大赦五岁以下刑罚的罪犯。甲午日，交阯太守杜瑗斩杀了李逊，平定了交州的叛乱。然而，这一年发生了严重的饥荒。冬十一月己亥日，朝廷任命镇军大将军郗愔为司空。会稽人檀元之发动叛乱，自称为安东将军，镇军参军谢蔼之奉命前去讨伐并平定了叛乱。十二月甲辰日，苻坚派遣他的襄阳太守阎震进犯竟陵，襄阳太守桓石虔出兵讨伐并将阎震擒获。
太元七年春三月，林邑国的范熊派遣使者进献当地特产。秋八月癸卯日，朝廷宣布大赦天下。九月，东方夷族的五个国家派使者前来进贡特产。苻坚的部将都贵将沔水以北的庄稼焚烧，掳掠襄阳百姓后撤离。冬十月丙子日，竟然响起了雷声。
太元八年春二月癸未日，黄色雾气弥漫四方。三月，始兴、南康、庐陵发生大水灾，平地积水达五丈深。丁巳日，朝廷大赦天下。夏天五月，辅国将军杨亮出兵讨伐蜀地，攻克五座城池，擒获苻坚部将魏光。秋七月，鹰扬将军郭洽与苻坚部将张崇在武当交战，将其打得大败。
八月，苻坚率领大军渡过淮河，朝廷派遣征讨都督谢石、冠军将军谢玄、辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等人前去抵御。九月，皇帝下诏让司徒、琅邪王司马道子总领尚书省六条事务。冬十月，苻坚的弟弟苻融攻陷寿春。乙亥日，东晋诸将与苻坚在淝水展开大战，东晋军队大获全胜，俘虏和斩杀敌军数以万计，还缴获了苻坚的车辇和云母车。十一月庚申日，皇帝下诏让卫将军谢安到金城犒劳凯旋的军队。壬子日，册封陈留王世子陈灵诞为陈留王。十二月庚午日，因外敌入侵的祸难刚刚平定，朝廷大赦天下。任命中军将军谢石为尚书令，解除酒禁。开始增加百姓的税米，每人五石。此前的句町王翟辽背叛苻坚，在黄河以南起兵，慕容垂从邺城赶来与翟辽会合，随后在洛阳攻打苻坚的儿子苻晖。仇池公杨世逃回陇右，派遣使者向东晋称臣。
太元九年春正月庚子日，朝廷封武陵王的孙子司马宝为临川王。戊午日，封新宁王司马晞的儿子司马遵为新宁王。辛亥日，皇帝拜谒建平等四座皇陵。龙骧将军刘牢之攻克谯城。车骑将军桓冲的部将郭宝讨伐新城、魏兴、上庸三郡，迫使三郡投降。二月辛巳日，身兼使持节、都督荆江梁宁益交广七州诸军事、车骑将军、荆州刺史的桓冲去世。慕容垂从洛阳与翟辽一同在邺城攻打苻坚的儿子苻丕。三月，朝廷任命卫将军谢安为太保。苻坚的北地长史慕容泓、平阳太守慕容冲同时起兵背叛苻坚。夏天四月己卯日，朝廷增设太学生一百人。封张天锡为西平公。派竟陵太守赵统讨伐襄阳并将其攻克。苻坚的部将姚苌在北地背叛苻坚，自立为王，国号为秦。
六月癸丑初一，崇德皇太后褚氏去世。慕容泓被他的叔父慕容冲杀害，慕容冲自称皇太弟。秋七月戊戌日，朝廷派兼司空、高密王司马纯之去洛阳拜谒五座皇陵。己酉日，将康献皇后安葬在崇平陵。百济派使者前来进贡特产。苻坚与慕容冲在郑西交战，苻坚军队战败。八月戊寅日，司空郗愔去世。九月辛卯日，前锋都督谢玄在鄄城攻打苻坚部将、兖州刺史张崇，并将其攻克。甲午日，加封太保谢安为大都督扬、江、荆、司、豫、徐、兖、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事。冬十月辛亥初一，出现日食。丁巳日，河间王司马昙之去世。乙丑日，因天象异常，朝廷大赦天下。庚午日，封前新蔡王司马晃的弟弟司马崇为新蔡王。苻坚的青州刺史苻朗率领部众前来投降。十二月，苻坚部将吕光在河西地区自称制命，自号酒泉公。慕容冲在阿房城僭越称帝。
太元十年春天，正月甲午日，皇帝前往拜谒各个皇陵。二月，朝廷设立国学。蜀郡太守任权斩杀了苻坚的益州刺史李平，成功平定益州。三月，荥阳人郑燮献出荥阳郡投降东晋。此时苻坚统治下的前秦国乱，苻坚派使者呈上表章，请求东晋出兵迎接。龙骧将军刘牢之与慕容垂在黎阳交战，东晋军队战败。
夏天四月丙辰日，刘牢之与沛郡太守周次又和慕容垂在五桥泽交战，东晋军队再次战败。壬戌日，太保谢安率领军队前去救援苻坚。五月，发生大水灾。苻坚留下太子苻宏守卫长安，自己逃到五将山。六月，苻宏前来投降，慕容冲攻入长安。秋七月，苻丕从枋头向西逃窜，龙骧将军檀玄追击，却被苻丕打败。这期间出现旱灾和饥荒。丁巳日，老人星出现。八月甲午日，朝廷大赦天下。丁酉日，身兼使持节、侍中、中书监、大都督十五州诸军事、卫将军、太保的谢安去世。庚子日，任命琅邪王司马道子为都督中外诸军事。就在这个月，姚苌杀死苻坚后僭越称帝。九月，吕光占据姑臧，自称凉州刺史。苻丕在晋阳僭越称帝。冬十月丁亥日，朝廷评定淝水之战的功劳，追封谢安为庐陵郡公，封谢石为南康公，谢玄为康乐公，谢琰为望蔡公，桓伊为永修公，其余人等也都根据功劳大小得到不同的封爵和赏赐。这一年，乞伏国仁自称大单于、秦河二州牧。
太元十一年春天，正月辛未日，慕容垂在中山僭越称帝。壬午日，翟辽袭击黎阳，俘获太守滕恬之。乙酉日，皇帝拜谒各个皇陵。慕容冲的部将许木末在长安杀死慕容冲。三月，朝廷大赦天下。太山太守张愿献出太山郡反叛，投降翟辽。
夏天四月，朝廷任命百济王世子余晖为使持节、都督、镇东将军、百济王。代王拓跋珪开始改称魏。癸巳日，任命尚书仆射陆纳为尚书左仆射，谯王司马恬为尚书右仆射。六月己卯日，发生地震。庚寅日，任命前辅国将军杨亮为西戎校尉、雍州刺史，镇守和护卫皇陵。秋八月庚午日，封孔靖之为奉圣亭侯，让他负责祭祀孔子。丁亥日，安平王司马邃之去世。翟辽进犯谯地，龙骧将军朱序将其击退。冬十月，慕容垂在河东击败苻丕，苻丕逃到东垣，扬威将军冯该将其击杀，并把首级送到京都。甲申日，海西公司马奕去世。十一月，苻丕的部将苻登在陇东僭越称帝。
太元十二年春天，正月乙巳日，任命豫州刺史朱序为青、兖二州刺史，镇守淮阴。丁未日，朝廷大赦天下。壬子日，刮起暴风，掀翻房屋，吹折树木。戊午日，慕容垂进犯河东，济北太守温详逃到彭城。翟辽派儿子翟钊进犯陈、颍地区，朱序将其击退。夏天四月戊辰日，尊奉夫人李氏为皇太妃。己丑日，天降冰雹。高平人翟畅擒获太守徐含远，献出高平郡投降翟辽。六月癸卯日，朝廷用束帛礼聘隐士戴逵、龚玄之。秋八月辛巳日，立皇子司马德宗为皇太子，朝廷大赦天下，给文武官员各提升两级官位，全国欢庆五日，赏赐给百官数量不等的布帛。九月戊午日，恢复新宁王司马遵的武陵王封号，封梁王司马逢的儿子司马龢为梁王。冬十一月，松滋太守王遐之在洛口讨伐翟辽，将其击败。
太元十三年夏天四月戊午日，朝廷任命青兖二州刺史朱序为持节、都督雍梁沔中九郡诸军事、雍州刺史，任命谯王司马恬之为镇北将军、青兖二州刺史。六月，天气干旱。这时，乞伏国仁去世，他的弟弟乞伏乾归继承了伪位，僭越称号为河南王。秋天九月，翟辽的部将翟发进犯洛阳，河南太守郭给率军抵抗，成功将其击退。冬天十二月戊子日，潮水涌入石头城，冲毁了朱雀桥，还造成人员伤亡。乙未日，刮起大风，白天如同黑夜一般昏暗，延贤堂发生火灾。丙申日，螽斯则百堂、客馆、骠骑库也都遭遇火灾。己亥日，朝廷加封尚书令谢石为卫将军、开府仪同三司。庚子日，尚书令、卫将军、开府仪同三司谢石去世。
太元十四年春天正月癸亥日，皇帝下诏，将淮南地区俘获后被送到官府作坊服役的俘虏全部遣散，让他们男女自行婚配，赏赐给他们百日的粮食。那些被没收为军赏的人也全部赎回，在襄阳、淮南的肥沃之地分别设立一个县，让他们居住。彭城的妖贼刘黎在皇丘僭越称帝，龙骧将军刘牢之奉命前去讨伐并将其平定。二月，扶南（今柬埔寨一带）进献当地特产。吕光僭越称号为三河王。夏天四月甲辰日，彭城王司马弘之去世。翟辽进犯荥阳，俘获太守张卓。六月壬寅日，身兼使持节、都督荆益宁三州诸军事、荆州刺史的桓石虔去世。秋天七月甲寅日，宣阳门的四根柱子遭遇火灾。八月，姚苌偷袭击败苻登，俘获了他的伪皇后毛氏。丁亥日，汝南王司马羲去世。九月庚午日，朝廷任命尚书左仆射陆纳为尚书令。冬天十二月乙巳日，天降大雨，树木结满冰挂。
太元十五年春天正月乙亥日，镇北将军、谯王司马恬之去世。龙骧将军刘牢之与翟辽、张愿在太山交战，东晋军队战败。征虏将军朱序在太行山击败慕容永。二月辛巳日，朝廷任命中书令王恭为都督青兖幽并冀五州诸军事、前将军、青兖二州刺史。三月己酉初一，发生地震。戊辰日，朝廷大赦天下。秋天七月丁巳日，有彗星出现在北河附近。八月，永嘉人李耽起兵反叛，太守刘怀之前去讨伐并将其平定。己丑日，京城发生地震。又有彗星出现在北斗星附近，侵犯紫微垣。沔中各郡以及兖州发生大水灾。龙骧将军朱序在滑台攻打翟辽，将其打得大败，张愿前来投降。九月丁未日，朝廷任命吴郡太守王珣为尚书仆射。冬天十二月己未日，再次发生地震。
太元十六年春天正月庚申日，朝廷重新修建太庙。夏天六月，慕容永进犯河南，太守杨佺期将其击败。己未日，章武王司马范之去世。秋天九月癸未日，朝廷任命尚书右仆射王珣为尚书左仆射，任命太子詹事谢琰为尚书右仆射。新的太庙建成。冬天十一月，姚苌在安定击败苻登。
太元十七年正月己巳初一，朝廷宣布大赦天下，免除百姓拖欠的租税和旧债。夏天四月，齐国内史蒋喆杀害乐安太守辟闾濬，占据青州反叛，北平原太守辟闾浑出兵讨伐，成功将叛乱平定。五月丁卯初一，发生日食。六月癸卯日，京城发生地震。甲寅日，潮水涌入石头城，冲毁了朱雀桥。永嘉郡潮水暴涨，近海的四个县很多人因此丧命。乙卯日，刮起大风，树木被吹折。戊午日，梁王司马龢去世。慕容垂在黎阳袭击翟钊，将其击败，翟钊逃到慕容永那里。秋天七月丁丑日，金星在白天出现。八月，开始新建东宫。冬天十月丁酉日，金星又在白天出现。辛亥日，都督荆益宁三州诸军事、荆州刺史王忱去世。十一月癸酉日，朝廷任命黄门郎殷仲堪为都督荆益梁三州诸军事、荆州刺史。庚寅日，将琅邪王司马道子改封为会稽王，封皇子司马德文为琅邪王。十二月己未日，发生地震。这一年，从秋天开始就一直没有下雨，一直持续到冬天。
太元十八年正月癸亥初一，发生地震。二月乙未日，又一次发生地震。三月，翟钊进犯河南。夏天六月己亥日，始兴、南康、庐陵发生大水灾，水深达五丈。秋天七月，出现旱灾。闰月，妖贼司马徽在马头山聚集党羽，刘牢之派遣部将前去讨伐并将其平定。九月丙戌日，龙骧将军杨佺期在潼谷攻打氐族首领杨佛嵩，将其击败。冬天十月，姚苌去世，他的儿子姚兴继承伪位。
太元十九年夏天六月壬子日，朝廷追尊会稽王太妃郑氏为简文宣太后。秋天七月，荆州、徐州发生大水灾，损害了秋季庄稼，朝廷派遣使者前去赈济抚恤。八月己巳日，尊奉皇太妃李氏为皇太后，其宫殿名为崇训。慕容垂在长子攻打慕容永，并将其斩杀。冬天十月，慕容垂派儿子慕容恶奴进犯廪丘，东平太守韦简与慕容垂的部将尹国在平陆交战，韦简战死。这一年，苻登被姚兴杀害，苻登的太子苻崇逃到湟中，僭越称帝。
太元二十年春天二月，朝廷修建宣太后庙。甲寅日，散骑常侍、光禄大夫、开府仪同三司、尚书令陆纳去世。三月庚辰初一，发生日食。夏天六月，荆州、徐州再次发生大水灾。十一月，魏王拓跋珪在黍谷攻打慕容垂的儿子慕容宝，将其击败。
太元二十一年春天正月，建造清暑殿。三月，慕容垂攻打平城，将其攻克。夏天四月，新建永安宫。丁亥日，天降冰雹。慕容垂去世，他的儿子慕容宝继承伪位。五月甲子日，朝廷任命望蔡公谢琰为尚书左仆射。发生大水灾。六月，吕光僭越称帝，即天王位。秋天九月庚申日，皇帝在清暑殿驾崩，年仅三十五岁。死后葬于隆平陵。
孝武帝司马曜自幼就被称赞聪明颖悟。简文帝驾崩的时候，他年仅十岁，到了傍晚都没有去哭丧，身边的人上前劝谏，他回答说：“哀伤至极自然就会哭泣，哪有什么固定的规矩呢？”谢安曾经感叹，认为他对玄理的精妙理解不逊色于先帝。
等他掌握朝政大权后，颇有君主的度量。然而后来，他沉溺于酒色，常常通宵达旦地饮酒作乐。晚年的时候，有彗星出现，孝武帝心里十分厌恶，他在华林园举起酒杯祝祷道：“彗星啊，敬你一杯酒，自古以来哪有活一万岁的天子呢！”那几年金星连年在白天出现，地震、水旱等灾变接连不断。他清醒的时候很少，身边又没有正直的人，终究没能改掉这沉溺酒色的毛病。
当时张贵人深受宠幸，年纪将近三十岁，孝武帝和她开玩笑说：“你因为年纪大了，该被废黜了。”张贵人暗自恼怒，傍晚时分，孝武帝喝醉后，便突然驾崩了。当时司马道子昏庸糊涂，司马元显专权，竟然不去追查凶手。
当初，简文帝看到谶语说：“晋祚尽昌明。”孝武帝还在母亲腹中孕育的时候，李太后梦见神人对她说：“你将生下一个男孩，就用‘昌明’作为他的字。”等到孩子出生时，东方刚刚破晓，于是就用“昌明”为名。简文帝后来醒悟到谶语的含义，不禁流下眼泪。等到建造清暑殿时，有见识的人认为“清暑”反读就是“楚”的发音，这是哀伤的征兆。不久之后孝武帝驾崩，晋朝的国运从此开始衰落。
史官评论说：以前的史书说“没有废弃，君主如何兴盛”，若是上天赋予神灵般的资质，光明正大地继承皇位，像骏马昂首跨越云海，能跃出沉沦的山川。少康凭借一支小小的军队，开拓了帝王的版图；成汤以七十里的基业，开创了王者的大业；让泛滥的河海恢复平静，修复紊乱的苍穹；如果事情和这些不一样，就难以兴盛。简文帝以清虚纯静的姿态，处于艰难的时局，政权被桓氏掌控，只有祭祀还由自己主持。简文帝去世后，孝武帝即位，上天开导他的内心，奸臣桓温自然死去。那时东晋势力向西越过剑岫，跨越灵山，向北威震长河，兵临清洛；荆吴之地的军队，气势磅礴；名贤相继涌现，旧有的德政依然存在：谢安能够调和雅俗，王彪之足以整饬纲纪，桓冲日夜为王室操劳，谢玄善于决断军事。当时上天眷顾东晋，强大的前秦自行衰亡。即便是五尺孩童，也能振奋衣袖临江而立，想着要在天山挂起军旗，在函谷关封泥（表示控制关隘）；然而朝廷却没有制定良好的政策，威望和恩泽都很少树立，司马道子荒废朝政，王国宝与小人勾结，封官授爵的荣耀，起初并非出于天子的旨意，卖官鬻爵的钱财，都流入权贵之门，苛捐杂税逐年增加，愁苦的百姓越来越多。所以闻人奭、许荣上书朝廷，孝武帝知道他们刚直，却厌恶听逆耳忠言，整天沉醉不醒，通宵饮酒作乐。虽然有“昌明”的梦兆，又怎会听从神的预言呢？晋朝国运的衰落，也有人为的因素，俗话说“大国的朝政还未衰败，小邦的祸乱已使其覆灭”。正值苻坚遭遇厄运的时候，东晋在淝水之战中大败前秦军队，孝武帝谥号为“武”，也算是很恰当了！
赞辞说：君主如同旗帜上的飘带般被人掌控时，国家的大道就不会顺畅。简文帝沉稳宁静，没有留下大的祸患。孝武帝登上皇位后，奸雄自行消亡。如同燕国和郑国的不同道路（指东晋局势有好有坏）。孝武帝在宫中设宴，向彗星敬酒。晋朝气运衰落，人事方面先出现了衰败的迹象。