安皇帝名叫司马德宗，字德宗，是孝武帝的长子。太元十二年八月辛巳日，被立为皇太子。太元二十一年九月庚申日，孝武帝驾崩。辛酉日，太子司马德宗登上皇帝之位，宣布大赦天下。癸亥日，任命司徒、会稽王司马道子为太傅，由他代理朝政。冬天十月甲申日，将孝武皇帝安葬在隆平陵，当时下着大雪。
隆安元年春天正月己亥初一，安帝举行加冠礼，更改年号，给文武官员各提升一级官位。太傅、会稽王司马道子叩头归还政权。朝廷任命尚书左仆射王珣为尚书令，领军将军王国宝为尚书左仆射。二月，吕光的部将秃发乌孤自称大都督、大单于，建立国号为南凉。他在金昌攻打吕光的部将窦苟，将其打得大败。甲寅日，尊奉皇太后李氏为太皇太后。戊午日，册立皇后王氏。三月，吕光的儿子吕纂被乞伏乾归击败。吕光的建康太守段业自称为凉州牧。慕容宝在蓟打败了北魏的军队。夏天四月甲戌日，兖州刺史王恭、豫州刺史庾楷起兵，以讨伐尚书左仆射王国宝、建威将军王绪为名。甲申日，朝廷为了取悦王恭，杀掉了王国宝和王绪，王恭于是罢兵。戊子日，朝廷大赦天下。五月，前司徒长史王廞在吴郡反叛，王恭出兵将其平定。慕容宝的部将慕容详在中山僭越称帝，慕容宝逃到黄龙。秋天八月，吕光被他的仆射杨轨、散骑常侍郭黁攻打，吕光的儿子吕纂将他们击退。九月，慕容宝的部将慕容麟在中山斩杀慕容详，接着自己僭越称帝。冬天十月，慕容麟被北魏军队打败。
隆安二年春天三月，有两艘龙舟发生火灾。夏天五月，兰汗杀死慕容宝，自己称大将军、昌黎王。秋天七月，慕容宝的儿子慕容盛斩杀兰汗，僭越称长乐王，代理天子之位。兖州刺史王恭、豫州刺史庾楷、荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄、南蛮校尉杨佺期等人起兵反叛。八月，江州刺史王愉逃到临川。丙子日，宁朔将军邓启方与慕容德的部将慕容法在管城交战，东晋军队战败。丙戌日，慕容盛在黄龙僭越称帝。桓玄在白石大败东晋军队。九月辛卯日，朝廷赐予太傅、会稽王司马道子黄钺（代表专征伐的权力）。派遣征虏将军、会稽王世子司马元显，前将军王珣、右将军谢琰去讨伐桓玄等人。己亥日，在牛渚打败庾楷。丙午日，会稽王司马道子屯兵中堂，司马元显守卫石头城。己酉日，前将军王珣守卫北郊，右将军谢琰守备宣阳门。辅国将军刘牢之驻扎在新亭，他的儿子刘敬宣击败王恭，王恭逃到曲阿长塘湖，湖尉将他抓获并送到京师，随后被斩杀。于是朝廷派遣太常殷茂去劝说殷仲堪和桓玄，桓玄等人逃到寻阳。冬天十月，新野有人说看到了驺虞（传说中的仁兽）。丙子日，朝廷大赦天下。壬午日，殷仲堪等人在寻阳结盟，推举桓玄为盟主。十一月，朝廷任命琅邪王司马德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆射。十二月己丑日，魏王拓跋珪即位，年号天兴。京兆人韦华率领襄阳的流亡百姓反叛，投降了姚兴。己酉日，前新安太守杜炯在京口反叛，会稽王世子司马元显出兵讨伐并将其斩杀。秃发乌孤自称武威王。
隆安三年春天正月辛酉日，朝廷封宗室司马蕴为淮陵王。二月甲辰日，河间王司马国镇去世。林邑的范胡达攻陷日南、九真，接着进犯交阯，太守杜瑗出兵讨伐并将其打败。段业自称为凉王。仇池公杨盛派遣使者向东晋称臣，进献地方特产。三月己卯日，朝廷追尊安帝的生母陈夫人为德皇太后。夏天四月乙未日，朝廷加封尚书令王珣为卫将军，任命会稽王世子司马元显为扬州刺史。六月戊子日，朝廷任命琅邪王司马德文为司徒。慕容德攻陷青州，杀害龙骧将军辟闾浑，然后在广固僭越称帝。秋天八月，秃发乌孤去世，他的弟弟秃发利鹿孤继承伪位。冬天十月，姚兴攻陷洛阳，俘获河南太守辛恭靖。十一月甲寅日，妖贼孙恩攻陷会稽，内史王凝之战死，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐都弃官逃走，吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸都遇害。朝廷派遣卫将军谢琰、辅国将军刘牢之前去迎击，将孙恩击退。十二月，桓玄袭击江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨佺期都被杀害。吕光立他的太子吕绍为天王，自己称太上皇。就在这一天，吕光去世，吕纂杀掉吕绍后自立为王。这一年，荆州发生大水灾，平地积水达三丈深。
隆安四年春天正月乙亥日，朝廷大赦天下。二月己丑日，有彗星出现在奎宿和娄宿之间，后来移动到紫微垣。三月，彗星又出现在太微星垣。夏天四月，发生了地震。孙恩进犯浃口。五月丙寅日，散骑常侍、卫将军、东亭侯王珣去世。己卯日，会稽内史谢琰被孙恩打败，不幸战死。孙恩转而进犯临海。六月庚辰初一，发生日食，同时出现旱灾。辅国司马刘裕在南山打败了孙恩。孙恩的部将卢循攻陷广陵，导致三千多人死亡。朝廷任命琅邪王师何澄为尚书左仆射。
秋天七月壬子日，太皇太后李氏驾崩。丁卯日，朝廷大赦天下。就在这个月，姚兴讨伐乞伏乾归，乞伏乾归投降。八月丁亥日，尚书右仆射王雅去世。壬寅日，将文太后安葬在修平陵。九月癸丑日，又发生了地震。
冬天十一月，宁朔将军高雅之与孙恩在余姚交战，东晋军队战败。朝廷任命扬州刺史司马元显为后将军、开府仪同三司，都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州诸军事，任命前将军刘牢之为镇北将军，封司马元显的儿子司马彦璋为东海王。十二月戊寅日，有彗星出现在天市垣。这一年，河右诸郡拥护凉武昭王李玄盛为秦、凉二州牧、凉公，年号为庚子。
隆安五年春天二月丙子日，孙恩再次进犯浃口。吕超杀死吕纂，他的兄长吕隆僭越即位。三月甲寅日，众多星星向西流动，经过太微星垣。
夏天五月，孙恩进犯沪渎和吴国，内史袁山松战死。沮渠蒙逊杀死段业，自称为大都督、北凉州牧。六月甲戌日，孙恩抵达丹徒。乙亥日，朝廷内外戒严，百官都住进官署。冠军将军高素、右卫将军张崇之守卫石头城，辅国将军刘袭设置栅栏阻断淮口，丹杨尹司马恢之驻守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃守备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国屯兵中皇堂。朝廷征召豫州刺史、谯王司马尚之保卫京师。宁朔将军高雅之在广陵的郁洲攻打孙恩，被孙恩的军队俘虏。
秋天七月，段玑杀死慕容盛，慕容盛的叔父慕容熙将段氏一族全部诛杀，然后僭越称帝。九月，吕隆向姚兴投降。冬天十月，姚兴率领军队侵犯北魏，结果大败而归。这一年，发生饥荒，朝廷下令禁酒。
元兴元年春天正月庚午初一，朝廷大赦天下，更改年号。任命后将军司马元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北将军刘牢之担任司马元显的前锋，前将军、谯王司马尚之作为后部，一同去讨伐桓玄。二月丙午日，安帝身着军装在西池为司马元显饯行。丁巳日，朝廷派遣兼侍中、齐王司马柔之拿着驺虞幡前往荆、江二州宣告旨意。丁卯日，桓玄在姑孰打败了东晋军队，谯王司马尚之、齐王司马柔之不幸战死。朝廷任命右将军吴隐之为都督交广二州诸军事、广州刺史。
三月己巳日，刘牢之背叛朝廷，投降了桓玄。辛未日，东晋军队在新亭战败，骠骑大将军、会稽王世子司马元显，东海王司马彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃都被杀害。壬申日，桓玄自行任命自己为侍中、丞相、录尚书事，让桓谦担任尚书仆射，将太傅、会稽王司马道子流放到安城。不久桓玄又自称太尉、扬州牧，总揽朝政大权，任命琅邪王司马德文为太宰。临海太守辛景攻打孙恩，并将其斩杀。就在这个月，秃发利鹿孤去世，他的弟弟秃发傉檀继承了伪位。
秋天七月乙亥日，新蔡王司马崇被他的奴仆杀害。八月庚子日，尚书下舍发生火灾。冬天十月，冀州刺史刘轨背叛朝廷，投奔慕容德。十二月庚申日，会稽王司马道子被桓玄杀害。朝廷特赦广陵、彭城两地犯有大逆罪以下的人。
元兴二年春天二月辛丑日，建威将军刘裕在东阳打败徐道覆。乙卯日，桓玄自称大将军。丁巳日，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。夏天四月癸巳初一，发生日食。
秋天八月，桓玄又自称为相国、楚王。九月，南阳太守庾仄发动起义兵，但被桓玄打败。冬天十一月壬午日，桓玄将安帝迁到永安宫。癸未日，把太庙的神主牌位移到琅邪国。十二月壬辰日，桓玄篡位，将安帝降为平固王。辛亥日，安帝被迫流亡到寻阳。
元兴三年春天二月，安帝还在寻阳。庚寅日夜晚，潮水涌入石头城，冲毁房屋，淹死不少百姓。乙卯日，建武将军刘裕率领沛国的刘毅、东海的何无忌等人发动起义兵。丙辰日，在京口斩杀了桓玄所任命的徐州刺史桓修，在广陵斩杀了青州刺史桓弘。丁巳日，起义军渡过长江。
三月戊午日，刘裕在江乘斩杀了桓玄的部将吴甫之，在罗落斩杀了皇甫敷。己未日，桓玄的军队溃败而逃。庚申日，刘裕设置留台，配备了各级官员。壬戌日，桓玄的司徒王谧推举刘裕代理镇军将军、徐州刺史、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、假节。刘裕让王谧兼任扬州刺史、录尚书事。辛酉日，刘裕诛杀了尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥以及司州刺史温详。辛未日，桓玄逼迫安帝向西前行。丙戌日，安帝秘密下诏，称自己被桓玄幽禁逼迫，朝廷政务无人处理，命令武陵王司马遵依照旧有的典章制度，秉承皇帝旨意总领百官事务，加授侍中，其他官职照旧。同时大赦除谋反大逆罪以外的人，只有桓玄一族的后人不予赦免。
夏天四月己丑日，大将军、武陵王司马遵代行皇帝职权，总揽朝廷大小事务。庚寅日，安帝抵达江陵。庚戌日，辅国将军何无忌、振武将军刘道规与桓玄的部将庾稚、何澹之在湓口交战，将其大败。桓玄又逼迫安帝向东而下。五月癸酉日，冠军将军刘毅与桓玄在峥嵘洲交战，再次将其打败。己卯日，安帝又来到江陵。辛巳日，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之侍奉安帝居住在南郡。壬午日，督护冯迁在貊盘洲斩杀桓玄。安帝的车驾得以在江陵恢复正统地位。甲申日，安帝下诏说：“奸邪凶徒篡位叛逆，自古以来就有这种事。朕没能及时遏制，防患于未然，以至于流亡在外。幸亏镇军将军刘裕英明果敢，谋略出众，忠诚勇敢，举世无双，冠军将军刘毅等人向来诚心耿耿，共同谋划出好的计策。正义的声威已经振作起来，士人和平民都效力尽忠，国家得以安定，四海同庆。现在大赦天下，凡是那些因为畏惧逼迫而屈从于逆贼的人，一概不予追究。”戊寅日，将神主牌位奉入太庙。
闰月己丑日，桓玄原来的部将扬武将军桓振攻陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，安帝又一次在贼营中流亡。六月，益州刺史毛璩讨伐伪梁州刺史桓希，并将其斩杀。秋天七月戊申日，永安皇后何氏驾崩。八月癸酉日，将穆帝的章皇后祔葬在永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，被处死。冬天十月，卢循进犯广州，刺史吴隐之被卢循打败。卢循俘获始兴相阮腆之然后返回。慕容德去世，他兄长的儿子慕容超继承了伪位。
义熙元年春天正月，安帝身处江陵。南阳太守鲁宗之发动起义兵，成功袭击并攻破襄阳。己丑日，刘毅驻扎在马头。桓振让安帝屯驻在江津。辛卯日，鲁宗之在柞溪打败桓振的部将温楷，进军到纪南，却被桓振击败。振武将军刘道规攻打桓谦，桓谦败逃。安帝的车驾得以恢复正统地位，安帝与琅邪王司马德文登上刘道规的船只。戊戌日，安帝下诏说：“朕德行浅薄，早早继承了宏大的帝业。却不能使远近和睦，遏制奸邪不法之徒。逆臣桓玄趁着机会肆意作乱，竟然欺骗上天和百姓，篡夺了皇位。朕流亡在外，深陷荒远之地，宣皇开创的基业，几乎就要坠落。幸亏镇军将军刘裕忠诚勇敢，英明果断，诚信冠绝古今。在谋划之初，贤能之士与他同心协力；他拭泪誓师，激励众人，义士们被他的诚心所感动。所以战戈一挥，大奸大恶之徒纷纷逃窜，三军展示威严，元凶被斩首。然而桓振猖獗狂妄，在荆郢之地继续作恶。幸好上天保佑社稷，义旗连连告捷，狡猾的逆贼溃败，朕得以恢复正统。这实在是宗庙的神灵庇佑，以及那些起兵救援王室之人的功劳。哪里是朕一个人能独享这福佑呢，朕希望与天下百姓一起，迎来新的开始。现在大赦天下，更改年号，只有桓玄、桓振一族以及他们的同党不在赦免之列。赐给百官爵位晋升二级，鳏寡孤独之人每人赐谷五斛，全国欢庆五日。”
二月丁巳日，留台准备好皇帝的车驾仪仗，到江陵迎接安帝。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等人谋反，被处死。平西参军谯纵杀害平西将军、益州刺史毛璩，凭借蜀地反叛。
三月，桓振再次袭击江陵，荆州刺史司马休之逃到襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振，将其斩杀。安帝从江陵返回。乙未日，百官到朝廷请罪。安帝下诏说：“这不是各位卿家的过错，你们回去各尽职守吧。”戊戌日，为章皇后举哀三天，在西堂哭吊。刘裕和何无忌等人上表坚决请求退位，安帝没有答应。庚子日，任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加封镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰日，安帝下诏说：“自从近来国家遭受灾难之后，人才凋零，平常供奉的东西，还和以前一样，这怎么能体现出爱护百姓，以及像禹、汤那样勇于承担过错的告诫呢！可以斟酌着减少和节省。”
夏天四月，刘裕返回镇守京口。戊辰日，在东堂为他饯行。五月癸未日，禁止使用绢扇以及玩摴蒲这种博戏。游击将军、章武王司马秀，益州刺史司马轨之谋反，被处死。桓玄原来的部将桓亮、苻宏、刁预进犯湘州，被当地守将击退。
秋天八月甲子日，封临川王的儿子司马修之为会稽王。冬天十一月，乞伏乾归讨伐仇池，仇池公杨盛将其打得大败。这一年，凉武昭王李玄盛派遣使者呈上表章向东晋称臣。
义熙二年春天正月，益州刺史司马荣期在白帝攻打谯纵的部将谯子明，将其击败。夏天五月，朝廷封高密王的儿子司马法莲为高阳王。秋天七月，梁州刺史杨孜敬因有罪被处死。冬天十月，朝廷评定匡复晋室的功劳，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南平郡公，右将军何无忌为安成郡公，其余人等也按照功劳大小得到不同的封赏。乙亥日，任命左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗贼杀害零陵太守阮野。
义熙三年春天二月己酉日，车骑将军刘裕前来朝见皇帝。朝廷诛杀了东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑日，朝廷大赦天下，解除酒禁。夏天五月，发生大水灾。六月，姚兴的部将赫连勃勃在朔方僭越称帝，国号为夏。秋天七月戊戌初一，发生日食。汝南王司马遵之因有罪被处死。八月，朝廷派遣冠军将军刘敬宣持节监督征讨蜀地的各项军事事务。冬天十一月，赫连勃勃把秃发傉檀打得大败，秃发傉檀逃到南山。这一年，高云、冯跋杀死慕容熙，高云僭越登上皇位。
义熙四年春天正月甲辰日，朝廷让琅邪王司马德文兼任司徒，任命车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。庚申日，侍中、太保、武陵王司马遵去世。夏天四月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国逝世。甲午日，加封吏部尚书孟昶为尚书左仆射。冬天十一月癸丑日，天空打雷。梁州刺史杨思平因有罪被处斩。辛卯日，刮起大风，树木被连根拔起。就在这个月，秃发傉檀僭越称凉王。十二月，陈留王曹灵诞去世。
义熙五年春天正月辛卯日，朝廷大赦天下。庚戌日，任命抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加封辅国将军何无忌为镇南将军。戊戌日，寻阳发生地震。二月，慕容超的部将慕容兴宗进犯宿豫，阳平太守刘千载、南阳太守赵元都被敌军俘虏。三月己亥日，天降大雪，平地积雪厚达数尺。车骑将军刘裕率领军队讨伐慕容超。夏天六月丙寅日，太庙遭到雷击。刘裕在临朐大败慕容超。秋天七月，姚兴的部将乞伏乾归在苑川僭越称西秦王。九月戊辰日，离班杀死高云，高云的部将冯跋攻打离班，将其斩杀。冯跋僭越登上王位，仍然国号为燕。冬天十月，北魏清河王拓跋绍杀死他的君主拓跋珪。
义熙六年春天二月丁亥日，刘裕攻打慕容超并将其攻克，齐地全部被平定。就在这个月，广州刺史卢循反叛，进犯江州。三月，秃发傉檀与沮渠蒙逊在穷泉交战，秃发傉檀战败。壬申日，镇南将军、江州刺史何无忌与卢循在豫章交战，东晋军队战败，何无忌战死。夏天四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等人进入京师护卫。五月丙子日，刮起大风，树木被拔起。戊子日，卫将军刘毅与卢循在桑落洲交战，东晋军队战败。尚书左仆射孟昶因害怕而自杀。己未日，朝廷大赦天下。乙丑日，卢循抵达淮口，朝廷内外戒严。大司马、琅邪王司马德文都督宫城各项军事事务，驻扎在中皇堂，太尉刘裕驻扎在石头城，梁王司马珍之屯守南掖门，冠军将军刘敬宣屯守北郊，辅国将军孟怀玉屯守南岸，建武将军王仲德屯守越城，广武将军刘怀默屯守建阳门，在淮口修筑柤浦、药园、廷尉三座堡垒来抵御敌军。丙寅日，太庙屋脊上的鸱尾被雷击。秋天七月庚申日，卢循逃走。甲子日，朝廷派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等人率领军队追击。就在这个月，卢循进犯荆州，刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等人将其击败。又在华容打败徐道覆，贼军再次逃到寻阳。八月，姚兴的部将桓谦进犯江陵，刘道规将其击败。冬天十一月，蜀地贼寇谯纵攻陷巴东，守将温祚、时延祖战死。十二月壬辰日，刘裕在豫章打败卢循。
义熙七年春天二月壬午日，右将军刘藩在始兴斩杀徐道覆，并将其首级传送到京师。夏天四月，卢循逃到交州，被交州刺史杜慧度斩杀。秋天七月丁卯日，朝廷任命荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。冬天十月，沮渠蒙逊讨伐西凉，凉武昭王李玄盛迎战并击败了他。
义熙八年春天二月丙子日，朝廷任命吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月甲寅日，山阴地面塌陷了四尺，发出如同打雷般的声响。夏天五月，乞伏公府杀害乞伏乾归，乞伏乾归的儿子乞伏炽盘诛杀乞伏公府后，僭越登上伪位。六月，朝廷任命平北将军鲁宗之为镇北将军。秋天七月甲午日，武陵王司马季度去世。庚子日，征西大将军刘道规逝世。八月，皇后王氏驾崩。辛亥日，高密王司马纯之去世。九月癸酉日，将僖皇后安葬在休平陵。己卯日，太尉刘裕杀害右将军、兖州刺史刘藩，以及尚书左仆射谢混。庚辰日，刘裕假传诏书说：“刘毅心怀祸心，在南方制造叛乱，刘藩、谢混协助作乱，肆意施行奸邪之事。幸亏有安宁辅佐的明察，把握时机挫败其锐气，叛逆党羽已被诛杀，国家得以安定。爱护生命的德行，源于根本，施行赦免、广布仁爱，实在依靠上天的恩泽。况且此次事件由大奸大恶之人挑起，灾祸出自元凶。现在大赦天下，只有刘毅不在赦免之列。普遍给文武官员提升一级官位。孝顺忠义之人，以及那些隐居未被任用的贤才，一定要让他们显达。”己丑日，刘裕率领军队讨伐刘毅。刘裕的参军王镇恶攻陷江陵城，刘毅自杀。冬天十一月，沮渠蒙逊僭越称号为河西王。十二月，朝廷任命西陵太守朱龄石为建威将军、益州刺史，率领军队讨伐蜀地。从荆州划分出十个郡设置湘州。这一年，庐陵、南康地区四次发生地震。
义熙九年春天三月丙寅日，刘裕杀害前将军诸葛长民及其弟弟辅国大将军诸葛黎民、堂弟宁朔将军诸葛秀之。戊寅日，加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。林邑的范胡达进犯九真，被交州刺史杜慧度斩杀。夏天四月壬戌日，朝廷废除临沂、湖熟供皇后使用的四十顷脂泽田，将其赐给穷人，同时放宽对湖池的禁令。封镇北将军鲁宗之为南阳郡公。秋天七月，朱龄石攻克成都，斩杀谯纵，平定益州。九月，封刘裕的次子刘义真为桂阳公。冬天十二月，安平王司马球之去世。这一年，高句丽、倭国以及西南夷的铜头大师都前来进献地方特产。
义熙十年春天三月戊寅日，发生地震。夏天六月，乞伏炽盘率领军队讨伐秃发傉檀，将其消灭。秋天七月，淮北刮起大风，毁坏房屋。九月丁巳初一，发生日食。林邑派遣使者前来进献地方特产。这一年，朝廷修建东府城。
义熙十一年春天正月，荆州刺史司马休之、雍州刺史鲁宗之一同起兵背叛刘裕，刘裕率军前去讨伐。庚午日，朝廷大赦天下。丁丑日，任命吏部尚书谢裕为尚书左仆射。二月丁未日，姚兴去世，他的儿子姚泓继承伪位。三月辛巳日，淮陵王司马蕴去世。壬午日，刘裕与司马休之在江津交战，司马休之战败，逃奔襄阳。夏天四月乙卯日，青、冀二州刺史刘敬宣被他的参军司马道赐杀害。五月甲申日，两次出现彗星。甲午日，司马休之、鲁宗之出逃，投奔姚泓。朝廷评定平定蜀地的功劳，封刘裕的儿子刘义隆为彭城公，朱龄石为丰城公。己酉日，霍山崩塌，从中涌出六枚铜钟。秋天七月丙戌日，京都发大水，冲坏太庙。辛亥日是月末，发生日食。八月丁未日，尚书左仆射谢裕去世，朝廷任命尚书右仆射刘穆之为尚书左仆射。九月己亥日，朝廷大赦天下。
义熙十二年春天正月，姚泓派他的部将鲁轨进犯襄阳，雍州刺史赵伦之将其击退。二月，加封刘裕为中外大都督。夏天六月，赫连勃勃攻打姚泓的秦州，并将其攻陷。己酉日，新任命的尚书令、都乡亭侯刘柳去世。秋天八月，刘裕和琅邪王司马德文率军讨伐姚泓。丙午日，朝廷大赦天下。冬天十月丙寅日，姚泓的部将姚光献出洛阳投降。己丑日，朝廷派遣兼司空、高密王司马恢之去拜谒五座皇陵。
义熙十三年春天正月甲戌初一，发生日食。二月，凉武昭王李玄盛去世，他的世子李士业继承爵位，担任凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶在潼关大败姚泓的部将姚绍。夏天，刘裕在河曲打败北魏将领鹅青，斩杀鹅青的副将阿薄干。同月，凉公李士业在鲜支涧大败沮渠蒙逊。五月，刘裕攻克潼关。丁亥日，会稽王司马修之去世。六月癸亥日，林邑进献驯象和白鹦鹉。秋天七月，刘裕攻克长安，擒获姚泓，收缴了他的礼器，送回京都。南海贼寇徐道期攻陷广州，始兴相刘谦之将其平定。冬天十一月辛未日，左仆射、前将军刘穆之去世。
义熙十四年春天正月辛巳日，朝廷大赦天下。青州刺史沈田子在长安杀害龙骧将军王镇恶。夏天六月，刘裕担任相国，进封为宋公。冬天十月，朝廷任命凉公李士业为镇西将军，封酒泉公。十一月，赫连勃勃在青泥北把东晋军队打得大败。雍州刺史朱龄石焚烧长安宫殿，逃奔潼关。不久东晋军队又大败，朱龄石战死。十二月戊寅日，安帝在东堂驾崩，享年三十七岁。葬于休平陵。
安帝智力不佳，从年少到长大，不能说话，即使是严寒酷暑的变化，也无法分辨。他所有的行动举止，都不能自主。所以桓玄篡位时，他因此得以保全性命。当初有谶语说“昌明之后有二帝”，刘裕想要篡夺皇位，所以秘密指使王韶之勒死安帝，然后拥立恭帝，以此应和“二帝”的谶语。