恭帝名叫司马德文，字德文，是安帝的同母弟弟。起初被封为琅邪王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加授侍中，兼任司徒、总领尚书省六条事务。元兴初年，升迁为车骑大将军。桓玄执政时，恭帝晋升为太宰，被赐予帝王的衮冕服饰和绿色的绶带。桓玄篡位后，封恭帝为石阳县公，他和安帝一同居住在寻阳。等到桓玄战败，他们又相随到了江陵。桓玄死后，桓振突然杀到，他跃马挥戈，径直来到台阶下，瞪大眼睛对安帝说：“我家族哪里对不起国家，却被如此屠杀灭绝？”恭帝于是下床对桓振说：“这哪里是我们兄弟的意思呢！”桓振这才下马行礼。桓振之乱被平定后，恭帝又恢复为琅邪王，还兼任徐州刺史，不久后被任命为大司马，兼任司徒，享有特殊的礼遇。
义熙五年，朝廷为恭帝设置左右长史、司马、从事中郎四人，还赐予他羽葆和鼓吹乐队。义熙十二年，皇帝下诏说：“大司马品德高尚，又是皇室近亲，太尉道德高尚、功勋卓著，他们都能整饬人伦，调和阴阳二气，才俊之士都翘首以盼，希望能辅佐他们成就大业。然而他们崇尚谦逊，不广开门路招揽人才，这诚然符合大雅谦虚之道，但实际上却违背了急于任用贤才、佐助当世的要务。从前朝廷用蒲轮车征召贤才，各地的奇人异士纷纷涌现，东平王开设幕府，杰出的人才纷纷归附，人才济济的盛况，让朕十分钦佩。可以敕令二府，依照旧例征召人才，这样必定能选拔出优秀贤能之人，继承前贤的功业。”于是恭帝开始征召属官。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司马地位崇高、责任重大，既是皇室近亲又是贤能之人，无人能及。虽然他的府署接受节度，但他本人无需向太尉致敬。”
刘裕北伐的时候，恭帝上疏，表示愿意率领自己所管辖的军队，踏上征途，前往北方修缮和祭拜先帝陵寝。朝廷同意了他的请求，于是恭帝与刘裕一同出发。等到有关部门认为出征时不能向陵庙辞别，恭帝又上疏说：“臣出征在外，将历经寒暑，不能在陵墓前表达心意，心中十分愧疚。恳请陛下恩准，使臣的微小诚意得以表达，这样踏上征途也没有遗憾了。”朝廷批准了他的请求。等到姚泓被消灭，恭帝回到京都。
义熙十四年十二月戊寅日，安帝驾崩。刘裕假称安帝遗诏说：“我晋朝承受天命，大业兴隆，统御天下。朕德行不足，又恰逢诸多艰难，幸而依赖宰辅，拯救国家于危亡。仍然仰仗上天庇佑，得以平定祸乱，最终登上皇位，统一天下。正要依靠辅政大臣，开创宏伟基业，却突然身患重病，即将无法康复。追念祖宗的在天之灵和遗命，应将重任托付给亲近贤能之人。大司马、琅邪王，您出身于先皇，品德高尚、声名远扬，作为皇位继承人，众望所归。望您君临晋邦，承继宗庙祭祀，秉持公正，调和天下。宣扬先帝遗训，不要荒废我高祖的伟大使命。”就在这一天，恭帝登上皇位，大赦天下。
元熙元年春天正月壬辰初一，恭帝更改年号。由于安帝的陵墓还未下葬，所以没有举行朝会。恭帝册立褚氏为皇后。甲午日，朝廷征召刘裕回朝。戊戌日，有彗星出现在太微星垣的西边。庚申日，将安帝安葬在休平陵。恭帝接受朝贺时，脸上挂着愁容，并不喜悦。朝廷任命骠骑将军刘道怜为司空。
秋天八月，刘裕将镇守地迁移到寿阳。朝廷任命刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自行辞去扬州刺史的职务。冬天十月乙酉日，刘裕让他的儿子桂阳公刘义真担任扬州刺史。十一月丁亥初一，发生日食。十二月辛卯日，刘裕被赐予特殊礼遇。己卯日，太史奏报，有四条黑龙在东方出现。
元熙二年夏天六月壬戌日，刘裕来到京师。傅亮秉承刘裕的秘密旨意，暗示恭帝禅让皇位，并起草了诏书，请求恭帝抄写。恭帝欣然对身边的人说：“晋朝的天下早就失去了，如今又有什么可遗憾的呢。”于是就在红纸上抄写了诏书。甲子日，恭帝便退位，搬到琅邪王府居住。刘裕封恭帝为零陵王，让他居住在秣陵，仍然沿用晋朝的历法，车驾、旗帜、服饰的颜色都和以前一样，只是空有形式而礼数并不完备。
恭帝从那以后，深知自己身处危险之中，褚皇后常常陪伴在他身边，他的饮食等物资，都由褚皇后提供，所以刘宋的人找不到下手的机会。宋永初二年九月丁丑日，刘裕让褚皇后的兄长褚叔度将褚皇后请走，趁着这个间隙，士兵翻墙而入，在卧室里杀害了恭帝。恭帝去世时年仅三十六岁。谥号为恭皇帝，葬在冲平陵。
恭帝年幼时性格颇为残忍急躁，在藩国的时候，曾经让擅长射箭的人以射马为乐。后来有人说：“马的谐音和国姓相同，而自己杀马，这是非常不吉利的。”恭帝也醒悟过来，对此非常后悔。此后他又深信佛教，铸造了价值千万的钱币，塑造了一尊一丈六尺高的金像，还亲自到瓦官寺迎接，步行跟随了十几里路。
安帝智力不佳，恭帝每次侍奉在他身边，都非常留意他的冷暖、饮食起居等细节，以恭敬谨慎而闻名，受到当时人们的称赞。当初，晋元帝在丁丑年称晋王，建立宗庙，让郭璞占卜，郭璞说晋朝能享国二百年。从丁丑年到晋朝禅让的庚申年，一共是一百零四年。然而丁丑年开始算西晋，庚申年已经进入刘宋的年代，实际上晋朝享国只有一百零二年。郭璞大概是觉得一百零二年的期限太短促，所以委婉地倒过来说成二百年。
史官评论说：安帝即位的时候，正赶上动荡不安的时期，司马道子、司马元显一同把持朝政，君主昏庸，臣子作乱，没有像这样而不走向灭亡的。虽然有人手握兵权，心中念着旧国，但是回头看看没有良臣辅佐，很快就离散衰落了。于是桓玄趁机而起，势力发展迅猛，朝廷的军队全部覆灭，皇帝只能孤身一人流亡。所以刘裕并非晋朝的忠臣，孙恩也不是真正和晋朝作对的寇贼。如果说到改朝换代时君主的遭遇，恭帝是最为悲惨的。于越之地的百姓，难道会去侵扰丹穴；会稽一带的人，又怎会感叹成为别人的臣子。恭帝离开皇宫归来，留下诏书也不感到遗憾。五运交替，三微之数已尽，就如同深秋时节万物凋零，这是自然的道理。看到晋朝的衰落灭亡，人们也会为此感到惋惜。
赞辞说：安帝沉迷于酒色，导致大盗兴起。恭帝寄命于他人，被别人掌控。就像周朝的周赧王，又如同楚国最初立的楚怀王。空有尊贵的名号，采用不同的方法最终也都走向灭亡。